基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de ...
投稿
收录了7篇文章 · 10人关注
-
如何对基因组序列进行注释 -
「基因组注释」构建重复序列数据库
本文参考自Repeat Library Construction-Advanced，整体思路一致，但是所用软件有所不同。 流程主要分析MITE和...
-
RepeatModeler + RepeatMasker
在基因组注释中第一步就是重复序列的屏蔽，目前常用的从头注释pipeline就是RepeatModeler + RepeatMasker。 1. ...
-
「基因组注释」MITE-Hunter鉴别基因组的MITE序列背景篇 MITE属于II类非自主转座因子，并且在真核生物中存在大量的拷贝。 MITE长度大约是500bp，并且扩增速度非常快。2013年一篇发表...
-
TE 注释工具EDTA的安装及使用EDTA（Extensive de novo TE Annotator）是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估已有TE库注释优劣的工具包。该...
-
使用TEclass对TE一致性序列进行分类软件安装 软件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由...
-
使用EDTA进行TE注释
一句话评价：重复序列注释用EDTA就完事了。 简介 EDTA, 全称是 Extensive de-novo TE Annotator, 一个综合...
专题公告
来自大牛的分享
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1866482/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E5%BF%AB%E7%85%A7_2020-03-20_%E4%B8%8B%E5%8D%8812.02.54.png', '推荐专题《基因组重复序列注释》（ 分享自 @简书 ）','http://39.103.169.235/c/fc2b57949ea0?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','页面编码gb2312|utf-8默认gb2312'));){kind=link}