【01】lncRNA实战笔记 - 文集

7篇文章 · 8587字 · 62人关注

STEP9:确认LNCRNA是否真的是lncRNA
lncRNA具有一系列独特特性，这些特性与编码蛋白质的mRNA有或多或少的区别。需要将鉴定出的新lncRNA与数据库中的lncRNA以及蛋白质编...

0.9 9706 8 25
STEP8:鉴定全新的lncRNA
这个时候已经不是表达矩阵的事情了，要从新从fastq测序数据开始。对测序后的fastq数据进行转录本的组装。基于组装后的转录本，通过数据库注释去...

2.7 16634 21 40

STEP6:WGCNA相关性分析
因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或...

11.9 44085 44 163 2
STEP5:差异表达的mRNA和lncRNA
很明显，得到了表达矩阵之后，根据上面的样本信息，可以按照年龄，性别，取样部位来进行分组找差异。可以参考：https://github.com/j...

2.4 13636 7 36 1
STEP4: 得到表达矩阵的流程
SRA—>FASTQ—>BAM—>COUNTS 这几个步骤而已，中间穿插一些质控的手段，每个步骤选择好合适的软件即可。可以参考：一个植物转录组项...

0.6 9555 7 20
STEP3:了解参考基因组及注释文件
下载原始测序数据：在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址，需要先从BioProject找到SRA号，可以得到RNA-...

0.3 5998 4 15
STEP2：文献阅读
“ Annotation and cluster analysis of spatiotemporal- and sex-related lnc...

0.2 2542 0 9 2