Avatar notebook default
生物信息
38篇文章 · 34226字 · 6人关注
  • Resize,w 360,h 240
    kraken2 微生物物种分类

    kraken 是微生物组分析进行物种分类的工具，目前已经是第二代 kraken2 了。kraken2 对比 kraken 重点优化了数据库创建速...

    5.0 9338 0 23
  • Resize,w 360,h 240
    Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程

    以前写过不少零散的 RNA-Seq 分析文章，现在整理为流程，同时修改一些错误。流程包含质控、比对、定量、差异分析。 前处理 拿到原始 fast...

    2.3 12158 0 24
  • GenomicRanges 根据重合比例合并基因区间数据

    最近在做 ATAC-Seq 分析，得到实验组和对照组 peaksets （本文称为 peaks1 和 peaks2） 后想合并得到 consen...

    1059 0 0
  • Resize,w 360,h 240
    参考基因组的选择

    基因组的研究都离不开参考基因组，本文带大家了解参考基因组的组成，及如何选择参考基因组。 参考基因组的 contig 指连续的序列，比如一号染色体...

    5.7 5499 0 5
  • 批量转换基因名

    做通路富集分析常需要批量进行基因ID转换，总结了3种简便方法与大家分享。方法1和2依赖于基因组注释R包，如果无相应物种R包就必须用方法3。好在的...

    0.9 3405 0 16
  • Resize,w 360,h 240
    芯片表达谱分析（四）

    本文补充些芯片数据分析注意事项。 GEOquery 与 limma前面文章的分析案例都是从原始数据开始分析，如果想采用上传作者处理好的表达矩阵开...

    711 0 2
  • Resize,w 360,h 240
    芯片表达谱分析（三）

    本文演示双色荧光芯片数据分析。选取 GSE9187 数据集 GSM232034-GSM232039 样品作为案例，包含对照组和敲低组各 3 样品...

    5.4 2139 4 5
  • Resize,w 360,h 240
    芯片表达谱分析（二）

    本文取 GSE45636 数据演示单色荧光芯片数据分析。GSE45636 采用 Affymetrix Human Genome U133 Plu...

    0.1 1232 0 2
  • Resize,w 360,h 240
    芯片表达谱分析（一）

    现在写表达谱芯片分析教程，就像是落后了几个时代一样。但是 GEO 等数据库包含了大量的芯片表达数据，工作时也难免需要挖掘这些数据，相信这系列教程...

    0.1 2195 0 4

文集作者