二代测序分析 - 文集

二代测序分析

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linux添加中文字体
linux系统中默认没有中文字体，进行网页设计或者报告设计时需要对字体进行设置，这时很多时候需要添加中文字体首先，可以使用fc-list查看现...

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perl 安装包工具cpanm及lib路径设置
使用cpanm进行安装cpanm本身是个文件，地址：https://raw.githubusercontent.com/miyagawa/cpa...

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比对分析及bam文件
比对分析参考基因组的一些概念： Seq number：基因组组装的序列总数。 Total length：基因组组装结果总长度。 GC cont...

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二代测序数据质控 QC
NGS-QC illumina测序原理高通量测序（High-Throughput Sequencing）又名二代测序|下一代测序（Next G...

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从fastq到群体结构分析软件及命令行实现
比对分析 bwa 排序，因为后续处理都需要按照基因组顺序进行排序进行捕获数据的提取和统计去除重复区域统计深度信息建立索引变异检测 ga...

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perl排序算法实现之选择排序，内插排序，归并排序

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群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法
标记过滤指标概念 miss 缺失率，即标记缺失的比例一般过滤0.1或者0.2；对于简化基因组的也有进行0.5的过滤的，看具体需求了 maf 最...

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群体进化，群体结构分析之STRUCTURE分析三款软件比较是、STRUCTURE admixture faststructure
STRUCTURE分析三款软件比较三篇高引用文章 2005-STRUCTURE【1】把选k值写的很清楚 2020/5/16 引用13119...

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二代测序常见数据格式
fa 基因组文件，记录每条染色体或者contig的序列信息 samtools faidx 后面跟fa文件，可以对其进行建立fai文件及基因的索引...

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