11篇文章 · 4714字 · 6人关注
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计算与某一个位点连锁不平衡的D'值
首选选择要计算的区域，这里我选择候选位点上下游1M的区域 用plink计算D‘
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记录一下ROH热点计算和绘图的过程
进入目标文件夹 分群体的单个个体 计算每个个体的ROH BN 62 BRA 70 Laos 53 LX 65 ...
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按位点提取vcf文件并获取注释的基因
这算是笔记。。。。 前提是总vcf文件已经用snpeff注释过了
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G矩阵-基因组关系矩阵
构建群体G矩阵 参考：synbreed: a framework for the analysis of genomic prediction...
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分享一个vcf文件质控的网站
偶然发现这个网站（https://speciationgenomics.github.io/filtering_vcfs/[https://sp...
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rehh包的使用Rehh包的使用 一、数据的输入 数据的输入格式有5种 1.标准单倍型格式，参考文件bta12_cgu.hap,使用less -S 命令查看 其...
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提取目标区域的vcf文件
话不多说，直接上解决办法 vimhouxuan.txt 1110000 #用TAB分割 11000190000 bcftools filt...
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