【生物信息学】软件 - 文集

10篇文章 · 8033字 · 2人关注

同源基因鉴定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree
写在前面写这个贴子纯粹为了记录一下自己的双面打工人的生活，然后再总结一下自己的工作方法还有哪些地方存在问题，希望下次再遇到这些小问题的时候可以...

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OrthoFinder2：直系同源基因的寻找以及Orthogroup构建
OrthoFinder2算法解读 1）基因树的构建，寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，blast，mmseq2 基因树的...

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「转录组」WGCNA实战原理两不误
表达矩阵的处理后续分析所用到的数据，均为FPKM标准化后的表达矩阵。从流程上对WGCNA进行解读 1）当对芯片数据或者RNA-Seq等数据完...

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「有谱软件推荐」GFF、GTF文件处理工具：AGAT
早前接触到RNA-Seq，在进行GFF转GTF这一步时，使用的是cufflinks的附属工具gffread，但是发现如果GFF更加不规则一些，...

0.4 1197 0 4
【Jellyfish和KMC，我应该选谁？】
比较软件： Jellyfish 2.3.0 KMC 3.2.1 使用数据：大肠杆菌基因组但是histo文件似乎有一些不一样。 1、jellyf...

0.9 486 0 5
【如何使用Jellyfish进行Kmer频数统计分析？】2022年版本
软件概述将基因组等序列文件，按长度为K的字符串进行切割、归类以及频数统计。软件安装软件版本：2.3.0 软件使用可以直接查看帮助文档：m...

4.1 1481 0 21
【SubPhaser-多倍体亚基因组分型流程解读】
写本篇文章，主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。进入tmp文件夹之后，其实就可以看到对应的文件：如何查看什么步骤产生了...

2.3 1970 1 9

【如何拆分多倍体亚基因组？】SubPhaser软件
SubPhaser原文链接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18173[...

1.8 3826 1 20
【JCVI】安装与使用
LAST依赖库安装方法1：手动下载-自行编译方法2：conda安装 Python版 MCScan安装初次调用jcvi需要输入JGI的账号和...

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