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高通量测序中的接头（adapter）到底是什么首先放一张测序示意图，在DNA片段两端所加的序列即接头序列，也就是我们今天要讲述的主角。 1 基本概念 1.1 adapter 接头，为一段已知...
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回顾illumina 双端测序原理
回顾二代双端测序原理 双端测序 上样 flowcell是用于吸附流动DNA片段的槽道，测序就在此进行。lane上随机分布两种接头，p5‘（与P5...
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snpEff构建物种数据库及完成vcf变异文件注释
1. 如果在没有jdk12的conda下安装snpeff，会报错 解决方法（针对非root用户） 参考：https://www.jianshu....
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全基因组重测序流程【超细致！！】
自己在研究生的第一个项目就是处理重测序数据，在做的过程中参考了很多资料，现在把整个重测序的上游分析流程分享给大家，一些关键环节已经帮大家踩过坑了...
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通过bcftools合并不同种群的vcf文件
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或...
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使用aspera下载EBI中的SRA数据不需要prefetch（SRA-Toolkits里面的插件），prefetch已经不能和aspera联用,网上很多教程都已经过时。直接下载Asp...
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RNA-seq数据分析一：(HISAT2+featureCounts）
将 gff 文件转成 gtf (featurecounts需要使用gtf文件) 构建参考基因组的索引文件 hisat2批量比对 bam文件排序 ...
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用ANNOVAR自建数据库注释基因组
annovar简介 在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在call snp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而...
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如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息
vcftools --gzvcf input.vcf --chr n --recode – recode-INFO-all --stdout |...
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