生物本身就是一个复杂的体系,我们必须使用多维数据来对之进行准确描述,而这一点在生物信息学领域体现的尤为突出,以经典的转录组数据为例: bulk ...
不积跬步无以至千里 deeptools作为分析深度测序数据的一大利器,受到了广泛的欢迎和关注,这一点从Github的星标数以及conda的安装次...
为了方便提取基因结构,写了一个简单的Python脚本,支持提取: exon intron UTR CDS start codon end cod...
CUT&Tag 已经介绍过了,是一种研究蛋白与DNA互作(以及捕获DNA上特定特征)的组学技术,具体的艰苦流程以及和传统的ChIP-seq之间的...
从本期开始,我将和 Qingdao University的pudding 一起分享RNA-seq从上游数据质控到下游差异分析等内容的全部流程,当...
先看例子: 可以看到这个列表里面元素的数据类型分别为: 现在我们想求这个列表里面所有对象的对数值,代码: 最后运行出来的log向量为: 可以看到...
前面的帖子一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?[https://www.ji...
今天在使用 RseQC 时需要将参考基因组 GTF 文件转换为 bed12 文件,下面是记录下来的方法: 用到的工具 UCSC 的 gtfToG...
小小的眼睛里,装着……大大的疑惑 全文2800字,伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-st...
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