单细胞转录组 - 文集

单细胞转录组

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Seurat的scATAC-seq分析流程
Seurat 3.X版本能够整合scRNA-seq和scATAC-seq, 主要体现在：基于scRNA-seq的聚类结果对scATAC-seq...

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pandas实现筛选功能方式【探索AnnData数据格式】
1. 筛选出数据的指定几行数据 adata.obs[1:10] 2. 筛选出数据某列为某值的所有数据记录 adata.obs[adata.obs...

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pandas把Series组合成DataFrame
pandas如何把Series组合成DataFrame呢？这个要分情况而定，可以用pd.DataFrame()方式组合，也可以用concat函数...

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单细胞聚类---浅析监督学习与无监督学习
单细胞转录组分析在线性降维后通常要进行聚类，使用到机器学习的常用方法，主要分为有监督学习[supervised learning]和无监督学习u...

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scanpy数据整合批次效应去除原理
引用：葬花朴[https://www.cnblogs.com/listen2099/] 1.scanpy.external.pp.mnn_cor...

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anndata稀疏矩阵csr_matrix
最近在用scanorama进行单细胞转录组数据整合的过程中，出现报错经过检查发现是data.X 数据格式不正确，需要进行格式转换后再整合这里...

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单细胞转录组：单细胞归一化和识别高变基因
归一化和回归不必要的变异现在我们有了高质量的细胞，我们首先需要探索我们的数据并识别任何不需要的变异来源。然后我们需要对数据进行归一化，执行方差...

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单细胞转录组数据如何处理线粒体基因
什么是线粒体基因线粒体是参与细胞凋亡启动和执行的主要细胞器之一。线粒体基因在大多数细胞中表达，其表达水平是细胞类型特异性的。也就是说这个也是和...

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从Scanpy的Anndata对象提取信息（适用于单细胞转录组且涉及h5文件读写）
为什么要转格式目前使用最为广泛的2个单细胞分析的软件包是基于R语言的Seurat和基于Python的Scanpy。Seurat的分析对象是一个S...

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