转录组-单细胞转录组 - 文集

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【单细胞转录组实战】十二、公共数据库整合分析
这里是佳奥，我们进入到单细胞转录组的下游分析。 1 vCAF和mCAF细胞亚群特有基因——结合TGCA 作者拿到了四组分类，其中重点关注vCAF...

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【单细胞转录组实战】十一、复现文章分析结果
这里是佳奥！我们进入到作者的GitHub下载一下代码来看看吧。 1 作者原始代码当然，由于package的版本日新月异，除非安装相同版本的p...

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【单细胞转录组实战】十、复现文章数据——scater、monocle Package
这里是佳奥，我们继续复现文章数据。 1 scater Package 2 monocle Package 参考代码：有50%的基因只在低于20...

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【单细胞转录组实战】九、复现文章数据——Seurat Package
这里是佳奥！单细胞转录组的学习并不轻松，进度过半让我们继续吧。 1 再次了解文章数据 2 使用Seurat Package（新版参考文档修改） ...

3.0 1672 2 13 1
【单细胞转录组实战】八、scater 、Seurat、monocle Package介绍
这里是佳奥！我们继续学习最重要的三个R包。 1 scater Package(calculateQCMetrics已停用，用addPerCell...

3.9 2461 3 11
【单细胞转录组实战】七、scRNAseq、M3Drop Package
这里是佳奥！我们补充了相关知识，现在进一步学习相关R包的使用方法。文章数据：Low-coverage single-cell mRNA seq...

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【单细胞转录组实战】六、背景补充——细胞周期推断与rpkm计算方法
这里是佳奥，我们继续补充相关的背景知识。 1 细胞周期推断也是通过一些基因的表达来进行分类的。 2 rpkm概念与三种计算方法这一部分讲解r...

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【单细胞转录组实战】五、R包学习——genefu
这里是佳奥！这一篇我们单独学习一个R包：genefu以及乳腺癌相关知识。有关PAM50分析的相关知识在这里：下一篇我们继续补充生物学背景知识...

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【单细胞转录组实战】四、复现文章figure——PCA、tSNE分析和基因数量差异
这里是佳奥！熟悉了两个表达矩阵后，我们开始复现文章的图。 1 平均表达量与相关性散点图统计学概念：数据分析流程： 2 聚类算法简介——PC...

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