写一个安装生物软件的脚本，防止以后换个服务器，或者换电脑，或者重装虚拟机又要自己一个一个去下，直接一步到位。顺便对自己掌握的软件进行总结
脚本安装的软件仅为目前阶段所需，等以后学习更进一层，使用的软件会增加，脚本也会更新。
脚本如下：

#!/bin/bash
mkdir Biosofts
#安装anaconda 安装时会自动配置好环境变量
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
conda --version
conda create --name python27 python=2.7 -y
conda create --name python34 python=3.4 -y
conda info -e
#安装数据下载软件Aspera
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
tar -zvxf aspera-conncet-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
sh aspera-conncet-3.6.2.117442-linux-64.sh
#安装SRA-toolkit
cd Biosofts
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
tar -zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
cd ..
echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH'>>~/.bashrc
source ~/.bashrc
prefetch -h
#安装Trimmamotic
cd Biosofts
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatci/Trimmomatic-0.38.zip
unzip Trimmomatic-0.38.zip
cd ..
#配置conda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#最近清华的镜像出现了点问题，连接不上去，还是用官网的
#使用conda安装软件
#质控软件
conda install fastqc
#比对软件
conda install bowtie2
conda install hisat2
conda install bwa
#sam文件处理软件
conda install samtools
#差异分析软件
conda install cufflinks
#计算基因表达量
conda install htseq
#基因组从头拼接及组装软件
conda install velvet
conda install oases
#寻找数据峰软件
conda install macs2
#序列拼接评价软件
conda install quast
#变异基因注释软件
cd Biosofts
wget http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/OwgxR2rIVP/annovar.latest.tar.gz
tar -zvxf /annovar.latest.tar.gz
cd ..
echo 'export PATH=~/Biosofts/annovar:$PATH'>>~/.bashrc
sourec ~/.bashrc