读取单个单细胞表达矩阵文件count.txt.gz的问题求助

利用文章作者提供的count.txt.gz文件和metadata文件成功运行了第一步1.seurat,现在里面的文件是site里面有4种分组,我只想要tumor和normal,随后下载sample_info.csv文件,提取出分组列和批次效应列,单细胞测序数据质控后只得到after_qc_sc_list.rds,目前卡在3.多样本整合,无法确定meta.data中含有批次效应的列名和样本meta.data中的生物学效应分组列,而且我发现第一步1.seurat那里得到的metadata文件里面stage和virus列可以作为批次效应列,但是sample_info.csv文件里面没有这些信息

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

友情链接更多精彩内容