linux环境下的软件安装
1、下载miniconda
1.1谷歌搜索“miniconda清华”
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1.2登录服务器，查看服务器位数
bio03@VM-0-6-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
1.3 找到相应版本，右键复制链接
1.4 进入biosoft目录
bio03@VM-0-6-ubuntu:~$ cd biosoft
1.5 wget + 链接（鼠标左键复制，右键粘贴）下载脚本
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
--2022-07-13 18:13:28-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.15.130, 2402:f000:1:400::2
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.15.130|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 76607678 (73M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 85%[==================================================================================================================> ] 62Miniconda3-latest-Linux-x 100%[==================================>] 73.06M 998KB/s in 57s
2022-07-13 18:14:27 (1.28 MB/s) - ‘Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh’ saved [76607678/76607678]
2.安装miniconda
2.1用bash命令进行安装，按ENTER进入安装
bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Welcome to Miniconda3 py39_4.12.0
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
2.2 按enter跳过，直到出现，选择yes, 蓝色箭头处继续按ENTER
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2.3安装成功
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2.4 用source ~/.bashrc激活
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2.5添加镜像
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(base) bio03@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda config --set show_channel_urls yes
3.使用conda
3.1.conda list查看当前服务器上安装的所有软件列表
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3.2 安装软件 conda install fastqc -y
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3.3确认fastqc软件是否安装成功
fastqc -help查看fastqc帮助文档
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3.4卸载软件conda remove fastqc -y
3.5conda的环境使用
查看当前conda有哪些环境conda info --envs
(前面带*的是默认的)
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建立环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic`
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再次查看一下我们的conda环境conda info --envs
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激活新的conda环境conda activate rna-seq
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输入
fastqc看环境是否可用
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退出当前环境
conda deactivate
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