每个人都是一条海里的大鱼，生命就像横越大海。此岸出生，死到彼岸。纯洁的灵魂死后会幻化成大鱼。
大鱼海棠，十二年，只为一个梦境。
故事发生在一个脚下是陆地，头顶是大海，海洋与人间相连的幻境中。那里的人不是人，不是神，而是“其他人”。他们有自己的秩序，自己的族群，人人是神使，处处为神迹。人间四季，此境七天。三百年寿终，化作星辰，开启永生之门。
少女椿与少年湫，同生在这幻境之城的围屋中。
椿掌管海棠花开，湫掌管风雨。
十六岁的成人礼，椿要化作大鱼到人间走七天，去看看族人在人间掌管的万物生长规律。末尾的第七天，椿在漩涡附近被鱼网所困，人间少年用匕首割破鱼网救出椿，却被椿的鱼尾甩入漩涡中丧失了性命。
椿万般痛苦，回到自己的世界里，她在夜幕中，跑出承启楼，穿过一线天，去往知升楼寻找掌管好人死后魂魄的灵婆。
椿说：“当我踏上这条小船，我知道，我的命运改变了。”也许在成人礼第一天刚到海面看见人间少年时她的命运已经改变了，也许命运从来没有改变。
灵婆是个生意人，它想要一切美好的东西。椿用自己一半的寿命换来了人间少年魂魄幻化而成的小鱼，她给他起名“鲲”，喻意为北冥之大鱼，因为他有天长成大鱼，魂魄才能重回人间，换回性命。
但是饲养灵婆之鱼有违天意，会给族群引发灾难。而盆中小鱼日渐长大，长出翅膀，不容于河谷。终于，海天倒灌，海水毁坏了椿的家园。她借助故去爷爷幻化成的海棠树，用尽法力，让海棠树长过海水边际，拯救了族人的一方天地。
鲲却没有离去，他唌着一根海棠树枝来到渡口，湫用自己全部的寿命与灵婆换回了椿的寿命，打开海天之门，送鲲与椿到人间。他化为人间的风雨，永远守护椿。
当椿与鲲在海边苏醒，整个故事仿佛就像一场梦，不曾有过大鱼，不曾有过海棠。此生的我不认识今生的你，但还是会走在一起。
“你相信奇迹吗？”
生命的轮回，本就是一场奇迹。
无论是椿，还是湫，或是鲲，都倾尽所能，用生命爱着另一个人。
湫问椿：“是否有永恒的爱？”
“有，肯定有。”
因为你就是永恒的爱。
我们都曾为普通人，遵守着礼教、风俗、生存秩序，过着漫长的日子。直到有一天，一个人的出现让你不畏艰难，不惧风雨，不信命运。因为爱，生命才逐渐清明，摆脱蒙昧，走上永远无法还清的救赎之路。
鲲带着人间的乐声，人间的情感救了椿，椿在救赎鲲灵魂的过程中也救赎了自己的心。
而深爱椿的湫，听从内心的声音，听从命运的驱使，帮助、成全了鲲和椿，最终化为永恒。
椿去湫来，海棠花开。
那些生活中不常见到的、人们不敢去做的事，就得放在电影中，才会让人热泪盈眶。
为什么我们会为奋不顾身的爱情而感动？因为很少遇到，却又不想失去希望之光。情爱、命运、生死自有定数，自有轮回。也只能依着这微弱的人性之光，走出黑暗与蒙昧。否则，生命该靠什么存在下去？
就像影片中所讲：“爱一个人，攀一座山，追一个梦，不妨大胆些。”
不妨不计代价些。如此才算活过一生。
