在平定太平天国的战斗中，最难的实属攻克金陵。
在朝廷的全力支持下，曾国藩进入一生难得的顺境。为了让湘军快速建功，朝廷对曾国藩几乎是言听计从，全国范围内相关的封疆大吏进行调整也是以是否能配合湘军作战或筹响为转移。看起来万事俱备，天时地利人和皆具，湘军的大反攻定势如破竹，马到成功。然而曾国藩确认为：天下无易境，天下无难境；终身有乐处，终身有忧处。”大功克成之际，往往烦恼忧多。
确实，曾国藩的弟弟曾国荃因为此前安庆大盛，十分自负，对曾国藩的命令几次违抗，自己带兵持续深入雨花台，而其余军队无法跟他保持节奏，导致孤军深入被困金陵城下，于李自成大军交战四十六日而无所得。军队所失保重弟弟曾国葆也在该战后因劳累病死。
金陵之战注定是一场持久战。曾国荃增兵至十万有余，军中粮饷皆馈，此时经曾国藩提拔起来的江西巡抚沈葆桢没有商量突然断了江西的军饷供给。
沈葆桢的行为引起湘军集团众怒，而曾国藩却是这样看的：细思古人办事，岂不也是和我一样，经常会遇到製肘和拂逆。如果怒他人之拂逆，必欲使之顺从，就会采取霸道手段，诛除异己。时间长了，就会成为不可一世的权臣，给自己带来祸患。如果在他人反对年前能够动心忍性，修炼自己的心性，委曲求全，而且还以没有“对立面”而忧心，这才是圣贤的用心。所以我可以借这个不顺心的事来磨砺我的心性。（深感佩服，以当时曾国藩的权谋，要收拾沈葆桢是很简单的，然而曾国藩却完全没有这样做，把这件事当成了磨砺心性的好事，太难得）
很多大人物都喜欢其他人如同秋草伏风一样，偃伏在自己脚下，让自己的所有决定都得到坚决贯彻。但是他却一生勤求己过，最喜欢听别人的批评。越是位高权重，越是主动听取逆耳之言，以克除自己身上的“意气”“客气”和“矜气”请朋友们“常惠箴言，并赐危论”。经过反思和调整，他应对沈葆桢的背叛态度非常理智平和。
沈葆桢第二次争夺江西军饷，从朝廷的处理中，曾国藩感受到了朝廷对湘军尾大不掉的担心和戒备之意，他也在为自己考虑自己的进退之道了：告病回家，若天平天国战争顺利结果，他终老于山林，不在复出。对公家、对个人都是幸事。如此盛权之下，他能做出这样的决定，是很多大人物无法做到的，他对权势没有那么多的执念和贪恋，很难得。
他的弟弟曾国荃则不同，全国何处均已平定唯有南京久攻不下，并无他法。曾国荃开始情绪焦躁，身体越来越差，肝病已深。
曾国藩一封又一封信的劝慰，要求他放宽心胸，不要把得失看得那样重。“天下气运，自有天意做主，像攻占南京这样的重要历史节点，时间掌握在上天手里，而不是他们兄弟手里，尽了人事，就可以心地坦然。”
和青年时代的曾国藩不同，那时候他总认为“人定胜天”。经历被罢黜回老家的挫折后，“天命”二字开始出现在他的辞典中，仰观宇宙之大，俯察品类之盛，他悟到人力其实是很弱小的。时间亿万年没有穷尽，人生几十年实在是一瞬即过。天下至大，人力所能为者至小。“凡成大事，人谋居半，天意居半”
富贵功名皆人世浮荣，维胸次浩大才是真正受用。功名富贵都是给别人看的，只有心胸开阔，自己才能得到好处。
