1．著名的“天京”攻坚战
曾国藩在拿下安庆后布下了四路用兵之策，大举开始了对太平天国的全面反攻。由曾国荃部直插南京城下。让多隆阿、鲍超、李继宜等其他人打援。然而，曾国荃用兵太锐，进军太速。曾国藩多次命令他先停一停，等等其他几支。但曾国荃却全不管这一套。其他三路没有一路能跟得上来，一时之间形成了曾国荃一支孤军深入之势。
到了南京城他傻了眼。安庆城墙不过“九里十八步”，他们修了七十里的长壕和长墙来围困。南京九十六里，还不得修七百里的长壕和高墙？那岂不是要和秦始皇一样修起一道长城？
这时候洪秀全调李秀成回来救援。李秀成的部上海缴获了大量的西式武器，在人数和武器上均大大占优。麻烦的事没完，曾国荃的大营又染疫了。他后悔不已，赶紧请求曾国藩救援，说哥你千万不要不管我。
2．曾国藩人生最焦灼的四十六天
曾国藩判断：长江被湘军水师牢牢控制，李秀成因为粮食补给不可能围攻太久。曾国藩此时无兵可调，只好全力保障后勤供应。哪知因为曾国藩力荐被破格提拔的沈葆桢却突然停了每月供给曾国藩的四万两漕折，想用于建设本省军队。
曾国藩的幕僚们纷纷大骂不已，要求曾国藩马上参奏。曾国藩却没有这样做。他认为谁都会遇到反对的声音，要能容得下反对的声音。这才是圣贤的用心。
这段时间是曾国藩一生最痛苦的时期之一。他白天频繁联系各处，全力保障曾国荃的供应，傍晚对天祷告，求老天保佑弟弟平安。
李秀成部果然没有坚持太久，粮食补给不能持续、又没有冬衣，46天后撤退了。
3．恩将仇报的沈葆桢
正如曾国藩说过的“洪逆非诸贼可比，金陵非他城可比”。曾国荃百计尽施，攻坚战、偷城战、地道战、间谍战，想尽了一切办法，皆不能成功攻破南京城。在这三年时间里，李鸿章、左宗棠等人在江浙各地进展都非常顺利。天下大城，只剩下金陵未下了。
就在曾国荃焦急万分的时候，江西巡抚沈葆桢突然又一次上奏朝廷，奏请将江西全省的厘金完全归本省处置，不再提供给曾国藩了。这次数额甚巨，影响全局。曾国藩不能再忍了。上奏折对沈葆桢进行坚决反击。而朝廷的回复大出他的意料。朝廷判定江西的这些钱，曾国藩和沈葆桢两家各分一半。
因为形势已变，因为除了南京之外，其他地方都大局已定，拿下南京只是时间问题。朝廷的注意力已经开始从对付太平军转移到对付湘军。朝廷计划要对湘军集团采取“分而治之”政策因此偏袒沈葆桢。但朝廷也担心攻打南京会功亏一篑，将李泰国所购轮船的退款五十万两拨归曾国藩使用。军饷问题暂时解决。
但是曾国荃还是拿不出什么可以迅速攻下南京的办法，情绪焦躁，身体越来越差。曾国藩写信劝慰曾国荃，要求他放宽心胸，不要把得失看得那样重。
曾国藩说，像攻下南京城这样的大事，时间掌握在上天手里。人力其实是很弱小的，能致力的就是把沟挖深，把营盘扎好，整固军心，截断城内外接济，痛“剿”前来支援的敌人。其它就交给老天了。
他劝诫曾国荃：“古来大战争、大事业，人谋仅占十分之三，天意恒居十分之七。往往积劳之人非即成名之人，成名之人非即享福之人。”这都是常见的事。富贵功名都是给别人看的，只有心胸开阔，自己才能得到好处。“功不必自己出，名不必自己成，总以保全身体，莫生肝病为要。”
