琐碎知识点(待补充)

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)/(Quantitative Real-time PCR):是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析。

半定量PCR(RT-PCR)/(semi-quantitative interpretation):半定量是RT-PCR做基因表达分析的一种方法,其操作的方法是在野生型和突变体中用一个看家基因(通常是actin)做参照标准来观察目标基因在各自的表达情况(上调还是下调),所谓半定量的“半”是通俗的说法,即在看电泳图估计参照亮度一致(可看作是表达的细胞数一致)情况下,确定目标基因的表达;这是与更加精确的Q-PCR的相对定量和绝对定量的区分。

半定量是介于定量和定性之间的一种判定基因是否差异表达的方式。在控制其他变量同情况下,根据电泳条带亮度比较基因表达量的高低。

举个例子,有A和B两个基因,通过定量我们可以知道A和B表达的具体数值,分别是100和10,那么我们可以说在规定情况下A比B表达量高。而定性是,我们只知道A和B都表达,但是不知道他们的具体数值,无法比较表达量的高低。那么半定量就是,虽然我们不知道A和B表达的具体数值,但我们可以通过PCR的方式,在其他条件相同时,根据条带亮度判断A和B表达量高低,两两相比,亮的表达量就高,暗的表达量就低。

当然,半定量不但可以比较不同基因表达量的高低,也可以比较相同基因在不同材料中表达量的高低。比如,想知道A基因是否受到盐胁迫的影响,那么控制其他变量相同,改变模板(胁迫处理材料的cDNA),看A基因表达是否有变化。(以下过程就以相同基因在不同模板下的半定量为例:https://baijiahao.baidu.com/s?id=1708156177351796860&wfr=spider&for=pc)


单倍型:单倍体基因型,遗传学上是指在同一染色体上进行共同遗传的多个基因座上等位基因的组合。

抑制基因是指某一突变基因的表型效应由于第二个突变基因的出现而恢复正常时,称后一突变基因为前者的抑制基因。抑制基因则并不改变突变基因的DNA分子结构 ,而只是使突变型的表型恢复正常。

抑制基因一般用符号Su代表。当抑制作用发生在同一基因中时,这种抑制作用称为基因内抑制,属于不同基因的抑制作用则称基因间抑制。

位置效应 英文名称:Position effect 在生物学中,由于染色体畸变改变了一个基因与其邻近基因或与其邻近染色质的位置关系,从而使它的表型效应也发生变化的现象。它可分为两大类:(1)稳定型:如果蝇的棒眼,是由于x染色体上的区段重复。(2)花斑型:如果蝇的班白眼是由于染色体结构变异使白眼座位改变了位置,邻近于异染色质。

稳定型效应,简称S型位置效应,表型改变是稳定的。花斑效应,简称V型位置效应。这种效应的表型改变是不稳定的,因而导致显性和隐性性状嵌合的花斑现象。果蝇眼色的红、白嵌合,小鼠皮毛色的棕、灰嵌合,玉米籽粒的颜色斑点等现象都属于这一类型。

转录本:(transcript)由一条基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。

可变剪切(differential splicing)也叫做选择性剪切(alternative splicing), 指的是在mRNA前体到成熟mRNA的过程当中,不同的剪切方式使得同一个基因可以产生多个不同的成熟mRNA, 最终产生不同的蛋白质。

染色质调节因子(CRs)是一类具有特殊功能结构域的酶,能够以细胞环境依赖的方式识别,形成和维持表观遗传状态 。CRs是表观遗传学不可或缺的上游调节因子。 根据表观遗传学中的调控作用,CRs 通常分为三大类:DNA 甲基化、组蛋白修饰染色质重塑因子。CRs的异常表达与炎症、细胞凋亡、自噬和增殖等多种生物学过程有关,这表明CRs的失调可能导致包括癌症在内的多种疾病的发展。

异染色质可以分为结构性异染色质(constitutive heterochromatin)和兼性异染色质(facultative heterochromatin)两种。

1.结构性异染色质 是各类细胞的整个发育过程中都处于凝集状态的染色质。 此类染色质多位于染色体的着丝粒区,端粒区,次缢痕,以及Y染色体长臂远端2/3区段,含有高度重复的DNA序列,没有转录活性,是异染色质的主要类型。

2.兼性异染色质 是在特定细胞的某一发育阶段由原来的常染色质失去转录活性,转变成凝缩状态的异染色质,二者的转化可能与基因的表达调控有关。例如,女性体细胞中的两条X染色体在胚胎发育早期都是有活性的常染色质,约在胚胎发育的第16天,其中一条x染色质失去活性转变成异染色质,在核膜内缘形成高度凝聚的浓染色小体,及x染色质。

显性负效应:某些信号转导蛋白突变后不仅自身无功能,还能抑制或阻断同一细胞内的野生型信号转导蛋白的作用,这种作用被称为显性负效应。具有显性负效应的突变体被称为显性负性突变体( dominant negative mutant)。机理是突变型蛋白和相关蛋白形成无功能的二聚体,野生型蛋白功能被抑制。

经典的Dominant negative一般需要3个条件:(1)突变是显性的,也就是生物体内基因组上野生型的等位基因与突变的等位基因分子数为1:1;(2)突变不能影响mRNA以及成熟蛋白的稳定性,也就是突变的蛋白亦会表达;(3)突变的蛋白一定要与野生型蛋白相互结合(或者称之为直接作用)而且影响到野生型蛋白的功能。

显性抑制效应:dominant suppressor effect.

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