基因组重测序与转录组联合分析简介

基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段,转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析(GWAS
)、数量性状基因座(QTL)等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。通过比较两个差异表型样本的转录组数据,可以研究通过重测序手段得到的候选基因的表达量情况,两者相结合可以便于后续研究分析论证。

重测序定义

全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。SBC将不同梯度插入片段(Insert-Size)的测序文库结合短序列(Short-Reads)、双末端(Paired-End)进行测序,在全基因组水平上扫描并检测与重要性状相关的基因序列差异和结构变异,实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。

研究趋势

随着高通量技术的快速发展,基因组重测序的重点逐渐由性状定位及物种进化研究过度到对候选基因功能的验证,研究策略也由单一组学逐渐到多组学的分析,为研究物种提供更多的切入点。

基因组重测序与转录组测序结合

参考链接:

全基因组重测序 - 知乎 (zhihu.com)

基因组重测序SNP_calling - 简书 (jianshu.com)

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