前面通过视频给大家讲解了☞ GO富集分析弦图怎么看
也通过GOplot这个R包自带的数据给大家演示了。
今天我们就用实战经常用到的一套数据，TCGA数据库中的CHOL这套数据给大家举例。这套数据大家应该一点都不陌生了吧。从数据的下载，整合到差异表达分析，从GO和KEGG富集分析，火山图绘制到ceRNA网络构建，我们都是用的这套数据。
- 新版TCGA数据库RNAseq数据下载
- 新版TCGA数据库miRNA数据下载
- 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵
- 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中miRNA表达谱矩阵
- R代码TCGA差异表达分析
- 零代码合并新版TCGA中RNAseq和miRNA表达谱
- GO和KEGG富集分析视频讲解
- DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化
- 【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码
- 【R语言】circleplot展示KEGG富集分析结果
- 手把手教你绘制火山图
- 一文掌握ceRNA网络构建
在☞【R语言】绘制GO富集分析弦图中我们提到，绘制GO富集弦图需要准备四部分的数据
- GO富集分析的结果
可以参考往期内容获取GO富集分析结果
2. 差异表达分析结果
TCGA数据差异表达分析可以参考
GEO中数据差异表达分析可以参考
3. 需要展示的基因名字可以直接从差异表达分析结果中根据p.adj和logFC来进行挑选，当然也可以根据自己的兴趣来挑选。
4.需要展示的GO条目
可以从GO富集分析结果中，根据FDR来挑选，当然也可以根据自己的需求来挑选。
最终我么可以得到下面这张图，大家应该都会看这张图了吧！
完整绘图代码+详细注释☟☟☟
