囚徒困境的故事讲的是，两个嫌疑犯作案后被警察抓住，分别关在不同的屋子里接受审讯。警察告诉每个人：如果两人都抵赖，各判刑一年；如果两人都坦白，各判八年；如果两人中一个坦白而另一个抵赖，坦白的放出去，抵赖的判十年。从整体考虑，如果两人都抵赖，各判一年，显然这个结果好。但对于每个囚徒来说，最优选择是坦白，结果，两个嫌疑犯都选择坦白，各判刑八年。囚徒困境所反映出的深刻问题是，个体的理性有时可能会导致整体利益受损。
认罪认罚实施过程中，各方其实也存在着类似的囚徒困境。
嫌疑人/被告人：认了，可以从宽，但是行为是否构成犯罪、证据是否确实充分、量刑是否合理根本无从判断；不认，从宽是肯定不行了，弄不好再被认定个认罪态度不好被从重处罚。
辩护人：做了，对量刑有益处，但检察院基本不和律师协商从宽的幅度，最终的结果可能和预想的还有不小差距；不做，法院也不一定能采纳律师的辩护观点，最终的结果更难预测。
法院：做了，量刑权基本就交出去了，难道真变成只能盖章的法律民工？以审判为中心、庭审实质化不是变成口号了吗？不做，看着电脑里未结的案件，想着一个庭最少开半天，繁重的工作又压的自己喘不上气。
检察院：做了，拿着检察官的工资干了检察官和法官的活，关键是量刑精确化检察官也不专业啊，一旦产生错误，闹笑话事儿小，被追责事儿可就大了；不做，除了案件的压力，各种考核指标的压力又无从解决。
严格地说，认罪认罚中的囚徒困境不是做与不做的问题，而是怎样做好的问题。囚徒困境也不是不能破解，只要能够充分沟通、协商即可。要想把认罪认罚做好，让认罪认罚从宽制度充分发挥作用，需要参与各方在现有法律框架内，放弃自己既得利益，充分沟通、协商，形成切实可行的方案。如果仅站在个体角度考虑解决方法，一定会适得其反。
