日本近代以前唯一的一次真正的外敌入侵因为一场规模空前的台风而匆匆结束，可是蒙元入侵带领的恐惧却给对马、壹岐和九州留下了深深的历史烙印。
“蒙古、高丽来了！”这句话曾长期被用来吓唬当地的孩童，这就如同后来明朝江浙沿海的人民经常用“倭寇来了！”来吓唬调皮捣蛋的孩童一样。
然而，即便一时陷入恐惧，对于身在九州以外的京都贵族来说，却仿佛只是另一个世界的事情。
《不问而语》中仅仅只有一两句话提到蒙古，甚至也不是所有武士都参与了这场战争的战斗。
有一种说法认为，日本全国的武士均参加了战斗，很显然这种说法是不准确的。实际上，真正参战的人仅仅是在九州拥有领地的武士御家人和非御家人。在这场战争中，的确有相当多的关东武士移居到关西的领地，这虽然带来了新的问题，但对于仅在关东拥有领地的人们来说，“蒙古袭来”只是产生了些许间接的影响。
因此除了九州地区，对于大多数日本普通民众来讲，战争是发生在遥远世界的事情。
笔者认为，蒙古袭来的直接影响对于当时的人们来说，实际上比普遍认为的要小得多，这场战争结束后，整个京都曾经为庆祝“覆灭异国”，举行了声势浩大的法会，春日神木也从奈良被抬进京都。可是在经历了一年多的短暂喧嚣之后，京都的人们便恢复了往常的生活，对于日本皇室来说，不管龟山上皇和后深草上皇内心是怎么想的，至少他们在表面上却显得更加亲密，甚至还时常一起游乐，仿佛这场战争就从没发生过。
但是，从长远来看，“蒙古袭来”对日本、东亚乃至整个世界却仍有着深刻的历史的影响。在蒙元东征日本结束十多年之后，远在意大利热那亚的监狱之中，一位被囚禁的威尼斯人同牢房的狱友讲述了一个传奇故事，其中就包括一个远离大陆，位于东海之中，名为“吉旁古”（Zipangu,即日本）的黄金之岛的传说。
这位威尼斯商人就是马可·波罗，而记录下这部《马可·波罗游记》的则是同牢房的狱友鲁斯蒂谦（Rustichello da Pisa）。
深得忽必烈信任的马可·波罗可能从逃回中国的元朝士兵那里听到了这个故事，就这样“蒙古袭来”的事实传到了西欧各国，在他那充满传奇色彩的长篇故事中，我们还能隐约看到北九州沿海那些元军士兵的遭遇。200年后，在渴望前往东方，获得黄金的欲望的驱使下，意大利航海家哥伦布横渡了大西洋，当然他没有抵达黄金遍地的东方，而是意外发现了美洲新大陆。
对日本来说，这场战争客观上引发了一场深刻的军事变革。在此之前，日本武士虽然精于战争格斗技巧，但是却不足以弥补战术和秩序的短板。蒙元大军的来袭，让武士们首次领略到了军队在经过统一训练后所能发挥出的巨大威力，元军的排兵布阵和集体协同作战的战术以及火药武器的使用给予日军极大的震撼。自此以后，日本人逐渐认识到步兵和冲击力以及火器的重要性，到二百年之后战国时代开始后，日本终于发展出了具有相当组织性的步兵集团，骑兵也开始以冲击力，而非火力作为主要的作战手段。
其次，蒙古袭来进一步激化了日本国内的诸多矛盾。对于镰仓幕府而言，击败元军并没有带来任何好处。相反，幕府却陷入了自建立以来前所未有的危机之中。战争结束后，幕府必须对武士们的战功进行合理的奖赏，但是神官和僧侣们却声称蒙元的舰队因“神风”而倾覆归功于自己的功劳，武士只能位居其次。
除此之外，佛教和神道教之间也产生了矛盾，佛教徒认为是八幡菩萨掀起了神风，神道教的神官们则声称是天照大神掀起了神风，双方各执一词，互不相让。幕府被夹在武士、佛教和神道教三方之间，左右为难，而日本的庄园早在镰仓时代初期就被瓜分一空，因此可以用来封赏各方的土地更是微乎其微，根本无法满足各方的要求。
弘安之役结束之后，幕府仍然担心蒙元会卷土重来，再度来袭，便命令全国，尤其是九州的御家人必须轮番前往博多驻防，并承担部分徭役来修筑当地的防御工事，这使得没有得到幕府奖赏而满腹怨气的武士们更加愤怒，从而进一步加深了对它的不满和仇视，而寺院、神社却借“神风”之名复兴了往日的声望，再加上天皇家和朝廷借此削弱幕府权威，以此恢复往日的权力和荣光，最终在诸多矛盾和势力的催逼之下，镰仓幕府不可避免地走向崩溃。 蒙元的大军虽然没有叩开日本的大门，但是却如同一记重锤，连带各种积重难返的矛盾将镰仓幕府一步步推向毁灭的境地。
蒙古袭来还对日本人的精神世界产生了深刻而难以磨灭的影响。强大的蒙元舰队，在博多湾外海自行毁灭，这让日本人坚信日本有“神风”护佑，日本是“神国”。这种信仰开始植根于日本民众的潜意识之中，将原来松散的民族意识凝聚起来。到了19世纪，在西方列强纷至沓来，一步步蚕食日本之时，蒙古袭来所形成民族凝聚力开始发挥作用，很快使日本走上了近代化的道路，从而摆脱了沦为半殖民地半封建社会的命运。
可是，蒙元的入侵，也使日本彻底退出了以中华帝国为中心的东亚朝贡体系，并转而敌视中国。尽管这一情况在室町幕府时代曾有所回潮，但其大势仍不可逆转。
不光如此，“蒙古袭来”为日本14至16世纪和19世纪至二战对东亚大陆发动的一系列侵略战争拉开了序幕，其间军国主义思想便如幽灵一般在日本萌芽蔓延并伴随着军国日本的扩张在整个东亚世界肆虐，创作于明治时代的日本旧军歌《元寇》便是这种思想真实体现。
顾名思义，所谓“元寇”就是对入侵日本的元军的蔑称，如同我们将明朝时期入侵中国的日本人称为“倭寇”是一个道理。
下面便是《元寇》的歌词：
第一段：镰仓男儿
四百余州举兵，十万余骑之敌。
此般国难临头时，正值弘安四年夏季。
毋论情势多恐怖，有我镰仓男儿在此。
挟正义武断之名，一声吼示诸举世。
第二段：多多良海滩
多多良海滩边之戎夷，就是那群蒙古军势，
傲慢无礼的家伙们哟，我们俱与之不共戴天。
携忠义之精神前进，而锻炼我们的技艺。
此番要为了国家，去测试日本刀的锋利。
第三段：筑紫的大海
心已朝向筑紫的大海，只求乘风破浪去迎击。
以此粗犷猛夫之身，不讨取仇敌绝不归阵。
纵身死亦为护国之鬼，遂立誓言于箱崎。
得神灵感知而召往天国，大和魂则名垂青史矣。
第四段：玄界滩
苍天暴怒发令于大海，海上即卷起了巨浪。
身为国家仇敌的，那十余万蒙古军势。
当波浪退去之后，幸存的只有三人而已。
待到丛云散开之际，玄海滩上月光照耀。
