幕府收到这封高丽牒状之后，北条时宗随即遣人持牒上洛。
蒙古至元八年，日本文永八年，高丽元宗十二年（公元1271年）九月二日，镰仓的使者将这封牒状送至关东申次西园寺实兼的手上。
西园寺实兼不敢迟疑，立即将文书呈送给后嵯峨上皇。第二天，后嵯峨召开了紧急会议。会议上，公卿贵族们仔细研读了文书的内容，竟然发现这封牒状与上次送来的高丽牒状的立场截然相反。
文书传达了蒙古人不久将要进攻日本的情报，并向日本提出派遣援兵和提供军粮的请求，这显然是将日本人当作一个战壕里的战友，而将蒙古人视为不共戴天的敌人，可上一封高丽牒状还将蒙古视为宗主，规劝日本早日入朝通贡。这种前后矛盾的态度令上皇和公卿们一时摸不着头脑。
此后，朝廷就如何回复一事一连开了好几天的会议，商量来商量去，纠结了数日，也没讨论出个办法。
二十一日，朝廷要在即将举办的佛事春季仁王会的咒愿文里加入“有西番（高丽）之使介，告北狄（蒙古）之阴谋”的语句，但祷告的时候，围绕高丽与蒙古哪个在北哪个在西的问题，又让朝廷焦灼不安，不知所措。
这充分暴露了日本统治者的国际知识的严重匮乏。中世纪的日本，长期奉行“孤立主义”的对外政策，无论是京都的皇室与贵族还是镰仓的武士，对世界的认知是相当浅薄和狭隘的。在他们眼里，整个世界只有三个大国，即天竺（印度）、震旦（中国）、日本，其他国家皆为其附属。
印度是佛教的发源地，中国是日本文化典章制度的来源，而日本则是举世无双的神国与佛国。
所以当蒙古人出现的时候，自然超出了他们有限的认知水平，对于这样一个不见经史，闻所未闻的外来者，日本统治者表现出来的就只有恐惧、鄙夷、排斥和敌视。
当然，并非所有的日本人都和这群统治者一样傲慢自负和闭目塞听。身在九州的商人，早就通过南宋海商和渡日宋僧获得了东亚大陆局势变迁的最新情报。
至元七年，三别抄叛军声势浩大，甚至得到了不少爱国人民的响应。高丽王廷任命金方庆为全罗道追讨使，与蒙古将领阿海共同镇压叛军，但是三别抄的势力依旧强大，他们在十一月攻下耽罗岛（今天韩国济州岛），此地是朝鲜半岛南方海上势力的要地，也是通往中国和日本的交通要道。不久，三别抄便挫败了蒙古和高丽联军的镇压，控制了全罗道，还是不是侵扰庆尚道南岸，一度断绝了庆尚、全罗两道的交通。
就在三别抄的暴动进行得轰轰烈烈之时，叛军内部出现了问题，在领导者之中有些人并非出于对民族压迫而起兵反叛，而是借此机会浑水摸鱼，或割据一方或投靠蒙古以求富贵。比如三别抄叛军的主要首领裴仲孙首鼠两端，曾秘密与蒙古的屯田经略使忻都联系，乞求蒙古退兵，他提出的条件是只要蒙古撤军，就直接归顺蒙古，但是忻都没有接受。裴仲孙进而要求将全罗道划给他，然后直接隶属蒙古管辖，亦被忻都拒绝。他的这种行为直接导致叛军内部的分裂，当年四月，两军形势发生逆转，五月，蒙古与高丽联军攻陷珍岛，并杀死傀儡承化侯王温，而裴仲孙则不知所终。三别抄残部不得不在金通精的率领下，退往耽罗岛。
为了摆脱困境，三别抄开始向日本求援。只要稍微了解朝鲜半岛的局势变化，就会明白这封诡异的高丽牒状就是三别抄以高丽王廷的名义向日本发出的求援信，可是京都的这帮闭目塞听的公卿们对这个邻国的形势一无所知，所以面对两封态度截然相反的高丽牒状才感到费解。
这封三别抄送来的牒状的原文，今已不存，但是对这封牒状的分析与讨论的文书却保存了下来，现藏于东京大学史料编纂所之中，这份珍贵的史料称作《高丽牒状不审条条》。所谓“不审”，是个日语词汇，意为不清楚，疑惑。
很显然，不了解东亚局势的日本公卿对这封来路不明的牒状是一头雾水。
具体内容如下：
一、以前状文永五年，扬蒙古之德，今度状文永八年，韦毳者无远虑云云，如何。
一、文永五年状书年号，今度不书年号事。
一、以前状，归蒙古之德，成君臣之礼云云。今状，遣宅江华岛近四十年，披发左衽圣贤所恶，仍又迁都珍岛事。
一、今度状端不从成战之思也，奥为为蒙被使云云，前后相违如何？
一、漂风人护送事。
一、屯金海府之兵，先二十许人送日本国事。
一、我本朝统合三韩事。
一、安宁社稷待天时事。
一、请胡骑数万兵事。
一、达凶旒许垂宽宥事。
一、奉贽事。
一、遣使问讯事。
这段文字是用日式汉文体书写，读起来有些晦涩难懂，笔者不妨简单解释一下。一头雾水的公卿贵族们将文永五年和文永八年的两封高丽文书进行了一番比较，发现文永五年的国书是在颂扬蒙古之威德，说高丽与蒙古是君臣关系，高丽臣服于蒙古；而文永八年的牒状则是斥骂蒙古是穿着粗陋的毛皮衣裳，披发左衽的夷狄，还说高丽政府已经迁都珍岛，继续反抗蒙古的暴政。前一封文书还落款蒙古的年号“至元”，后一封文书上却没有蒙古年号，如此前后矛盾的诡异状况，着实让日本统治者百思不得其解。
最终不明所以的朝廷和镰仓幕府对这封高丽牒状未做答复，且对于三别抄提供蒙古即将入侵日本的情报也未加重视。
虽然名义上京都的朝廷掌管日本外交，但实际上必须按照幕府执权的意志行事。
对于蒙古袭来，幕府虽然也派遣御家人前往西国，以抵御异国的入侵，并借此机会震慑国内的“恶党”，可对于蒙古的数次交涉缺乏基本的外交应对，也未能及时与三别抄联合，形成反蒙的统一战线。
而京都的天皇、上皇对于蒙古遣使以及将来的入侵，则只是在石清水八幡神宫进行所谓的“异国降服”的祈祷而已，将希望寄托在虚无缥缈的神灵之上。
三别抄的抗蒙斗争最后还是以失败而告终，蒙丽联军攻陷了耽罗岛，至此，蒙古帝国最终控制了高丽、南宋和日本往来的海上要道和制海权。
当蒙古的铁蹄踏上日本岛之时，镰仓幕府和京都朝廷还不知蒙古来自何方，就稀里糊涂地卷入到了这场前所未有的战争之中。
