少贰资能接过蒙古和高丽的国书，一刻都不敢迟疑，立即快马加鞭，将国书送往镰仓。
闰正月八日，大宰府的信使才抵达镰仓，距离潘阜递交国书已经过了40余天。紧接着，镰仓幕府又急忙将国书送往京都的朝廷。
二月六日，蒙古国书送抵京都，时任关东申次的公卿西园寺实氏上奏朝廷，至此朝廷与幕府均获知了国书的内容。
此时的日本天皇是龟山天皇，但龟山天皇年纪尚轻，掌握实权的是他的父亲后嵯峨上皇。后嵯峨邦仁仅仅做了四年的天皇，便于宽元四年（公元1246年）退位，将皇位传给他的第二皇子久仁，是为后深草天皇。退位后，后嵯峨上皇便以“治天之君”的身份开设院政，他力图实行德政，于是在西园寺实氏的支持下，在院厅设置了“评定众”，“文殿众”两个新机构。作为院厅政务运行机关的评定众，其官吏大多都是亲幕府的贵族，对此，幕府颇为满意。
不久，幕府便向皇室抛出了橄榄枝，建长四年（公元1252年）二月，北条时赖秘密遣使前往京都，谒见后嵯峨上皇，提出由上皇的皇子担任镰仓幕府将军的请求。
皇子出任将军，不仅可以弥合朝廷与幕府之间的矛盾，也有益于上皇地位的稳固，增强皇室在幕府的话语权，可谓一石三鸟，这是后嵯峨上皇求之不得的好事。
上皇的皇子有两人可供选择，一个是年仅三岁的幼儿，一个是13岁的第一皇子宗尊亲王。
后嵯峨上皇的意见，通过六波罗府，传达给了时赖，幕府经过密商，决定选择宗尊亲王为将军。幕府从此进入到了“宫将军”时代。
许多中国人对镰仓时代的历史存有误解，认为幕府掌控一切权力，其实不然，尽管这一时期，天皇大权旁落，武士崛起，但是幕府并不可能独断专行，对所有事务都大包大揽。
中世纪时代的日本并非单一政权，而是由多个政治实体构成的多元分权的国家结构。幕府为武家政权，朝廷为公家政权，两者相互合作，并非对立的状态，所以正式的外交权仍然在天皇的朝廷。
后嵯峨上皇晚年更宠爱久仁的弟弟恒仁亲王，于是在1259年逼迫后深草天皇退位，将恒仁亲王推上皇位，后深草上皇因此愤然出家。
蒙古国书到来的时候，龟山天皇还未及弱冠之年。
二月八日，后嵯峨上皇召集了一众公卿元老在自己的居所召开了评定会议，商讨对策。参会的人包括前任关白二条良实、一条实经、前任太政大臣德大寺实基，前左大臣洞院实雄，以及现任关白近卫基平等人。
评定会议上，诸位公卿围绕着如何回复蒙古国书这一核心问题，展开了激烈的争论。接下来的二月九日、十日、十二日、十四日、十七日和三月二十七日接连举行了会议。
习惯于按部就班执行公务的公卿贵族们对于这样没有先例的事件满头雾水，手足无措，叽叽喳喳吵了许久也没讨论出个结果。
关白近卫基平当即表态，坚决不给蒙古人任何回复，但是在场的其他公卿却并不认同。评定会议连日进行，一直持续到四月二十六日，可谓是旷日持久。
古代日本人从中国引进了天人感应的思想，甚至比中国人更加迷信，既然人做不了决定，那就请天神来替我们作决定吧。
二月十七日，佛教天台宗圆满院圆助法亲王进宫登坛作法。二十五日，朝廷向级别最高的二十二所神社进献币帛，询问天神的旨意，从而拉开了声势浩大的“异国降服祈祷”的序幕。
三月上旬，朝廷令日本所有的寺庙、神社每个月集体祈祷一次，希望通过这样的方式，召唤丹生明神、八幡神、不动明王等神话中的战神显示神力，庇佑日本。
四月十三日，朝廷派遣敕使前往伊势神宫祈求天皇的祖先神天照大神降福日本，击退外敌。甚至到了十月，后嵯峨上皇干脆在大觉寺出家，成为法皇，祈求以一己之身代替国家承受上天的惩罚。不光如此，他还举办炽盛光法和五坛大秘法等规模宏大的法会，以求神灵镇护国家。
又是开会讨论，又是求神拜佛，其间又不断有幕府的使者来到京都，向天皇传达幕府意向，最终上皇、天皇与诸位公卿勉强达成了共识，绞尽脑汁草拟了一封回信并抄寄给了幕府，准备由幕府转交给高丽使者潘阜。
可是当这封回信的草稿送到镰仓幕府的连署北条时宗的手上时，他冷笑了一声，颇为不屑地对朝廷的使者说道：“像蒙古人这样骄横的蛮夷，我们日本有必要理睬他们吗？”说罢便将信纸扔到了一边，最终镰仓幕府扣信不发，高丽人没有得到任何回复。
面对强大的蒙古帝国，镰仓幕府这边的动向究竟如何呢？北条时宗趁着上皇、天皇与公卿贵族们争论不休之时，迅速做出了决断，紧锣密鼓地进行了战争动员。
蒙古至元五年，日本文永五年，公元1268年二月，时宗向幕府所属的西部武士御家人发出备战的命令：蒙古人包藏祸心，窥伺本朝，近日甚至遣使来日，宜早戒备，以防不虞。幕府此时的态度是既不接受蒙古的通好，也不畏惧蒙古的威胁，对其遣使致书的行为完全不予理睬，用日语中一个词来形容这种方式叫做“默杀”。
潘阜在大宰府足足待了5个月，遭受了日本人的冷遇，“馆待甚薄”，无奈之下的潘阜等人只得于至元五年（公元1268年）七月空手而归。蒙古与日本的初次交涉，以失败而告终，忽必烈建立邦交的美好愿望化为了泡影。
