MG2C是一个很纯粹的工具。没有广告,没有推广,不考虑任何利益,纯属业余爱好。
MG2C是一个很“肤浅”的工具。打开使用界面,参数、输入和输出都在一个界面,看一眼界面就相当于看了使用教程,一目了然。
MG2C是一个很意外的网页工具。最初开发1.0版是为了申请软件著作权、发篇文章,然后就没然后了,这或许就是终点了;后来由于使用者比较多,反馈也比较好,就继续维护添加新功能了;
MG2C是一个简单低配的工具。上线已5年多了,一台淘汰的小电脑做服务器,一个支持Perl环境的iis6做操作环境,一个简单HTML页面引用MG2C代码做使用界面,,外网访问通过花生壳的内网映射,没有数据库,没有后台管理页面,这就是MG2C的全部了。
MG2C之前一直没有正式的使用教程,主要是我认为它不需要,看到使用界面,就相当于看到教程了,参数有介绍,输入有介绍,输出也有介绍,还需要更详细吗?按网友的反馈,还真需要更直接、更正式的使用教程。那么下面就算是使用教程了。
(1)软件版本
目前一共有4个版本,1.0/1.1/2.0/2.1。其中1.0和1.1是中文版本,2.0和2.1是英文版本,论功能来说,1.0最简单,1.1在1.0的基础上增加了左侧的刻度尺,同时调整了一下刻度尺参数;2.0在1.1基础上增加了图谱显示的样式(由3个->5个),同时将中文变成了英文;2.1保持英文界面,增加了分子标记的个性化展示。
(2)输入数据
所有版本的数据输入都需要两个文件:基因信息文件和染色体信息文件。具体字段信息参考表1,字段与字段之间的分隔符是Tab,换句简单的话来说,把数据在excel表格里整理,之后将数据复制粘贴到输入框里就行了。
图1. 输入数据的展示。
表1. 输入数据的两个文件包含的字段,不同版本没有大的变化。
(3)软件参数清单(共33个可调整参数)
(4)输出结果
准备好数据之后,点Draw或画图就可以快速得到结果了。下面是用2.1版本的例子数据画的图谱。仅供参考。
图2 MG2C_2.1绘制的图谱效果图
(5) 结果下载
1.0、1.1、2.0的下载方式可能麻烦了点,需要在here上点右键然后保存为svg;
2.1除了提供svg,还提供jpeg/tiff/png格式的下载,这里只需要点击左键就能下载。
Svg格式的图是矢量图,可以再次修改调整。
写到这里,感觉自己真的很懒,2.1的下载方式就很好,代码已经调整成功,为啥不把之前的版本也调整一下呢?一个字懒!
后记:多数用户只需关心能用就行,对于绘图算法流程则不用关心,因此把MG2C的算法执行流程放在了最后,省得这部分内容碍眼。
图3. MG2C-算法流程
工具引用信息如下:
引用1: Jiangtao Chao#, Zhiyuan Li#, Yuhe Sun, Oluwaseun Olayemi Aluko, Xinru Wu, Qian Wang and Guanshan Liu.(2021). MG2C: a user-friendly online tool for drawing genetic maps. Molecular Horticulture,1:16.
引用2:MapGene2Chrom基于Perl和SVG语言绘制基因物理图谱. 晁江涛, 孔英珍, 王倩, 孙玉合, 龚达平, 吕婧, 刘贯山. 遗传, 2015, 35(1): 91-97.
Chao Jiangtao, Kong, Yingzhen, Wang Qian, Sun Yuhe, Gong Daping, Lv Jing, Liu Guanshan*. (2015). Mapgene2chrom, a tool to draw gene physical map based on perl and svg languages. Hereditas, 37(1):91-97