“有些鱼是永远关不住的，因为他们属于天空。————大鱼海棠”
故事建立了一个世界观。每个人都是一条大鱼，每一条大鱼都有法力，他们掌管着人间，却不是神，他们有着和人一样的模样，却也不是人类，他们是，其他人。大鱼掌管着人间万物，哪怕是最平凡的花花草草，也有专门的人掌管着，不，不是人，是其他人在掌管。
椿在成人礼这一天化作大鱼前往人间历练，她遇到了一个男孩。
椿看到了人最丑陋的一面，他们在恶狠狠的捕杀海豚，椿落网了，但是这个男孩不一样，他善良勇敢，他奋不顾身跳进大海为了解救被网缠住的椿，椿的母亲凤说过不要沾染人间的人类，椿在挣扎，椿一直在挣扎，男孩在将椿身上的绳子割开，椿却一尾巴将男孩送进了漩涡，她带着男孩遗留的笛哨回到了她的世界。
她郁郁寡欢，她担负了一条人命，她很愧疚，听说人死后好人的灵魂都归灵婆管，她寻到灵婆，她用自己的一半寿命，找了六个时辰换回了鲲。从此他们便生死相依，直到送鲲回到人间。
“北冥有鱼，其名为鲲，鲲之大，不知其几千里也。”湫的提议，鲲的名字。鲲要长的比盆还大，比房子还大，整栋围楼也装不下它。
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当椿发现自己喜欢鲲时，是湫表白的时候。
历经千辛万苦。
“可惜那晚没有紧紧抱住你”
湫用自己的生命换回来椿在灵婆那里的代价。当海天之门再次开启时，则是鲲用力飞回去的日子。
湫偷走了龙王面具，打开了海天之门，因此闯下的祸，使后土爷爷牺牲自己保护了大家，椿也意识到不能再陪鲲走最后一程了。她要去帮助大家。她与后土爷爷结合在一起长成了一棵天大的海棠树，海棠树的树枝遮挡住了天上的漏洞拯救了整个世界。
湫的承诺救回了已经逝去的椿，但回来的她已经失去了法力，不在属于这里，湫决心要将椿送到鲲的身边。
“我会化作人间的风雨陪在你身边”
椿与鲲离开了。
电影此时结束了，在结尾的彩蛋，椿与鲲回到人间，紧紧相拥。
椿去湫来，海棠花开。
