Linux 入门--软件安装
首先安装conda,这是个相当于linux系统下的应用商店的存在。日常生信用miniconda即可。安装好miniconda后,下载fastqc软件。
miniconda安装
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网页搜索 “miniconda 清华”镜像(清华的conda镜像网站)
首先,查询自己的电脑是多少位的:
uname -a
结果是64位,然后,在网页搜“miniconda 清华”,找到Linux最新版本的(latest)64位版本,Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,sh表示程序后缀。右键复制其网址,构建一个目录,利用wget
命令将其安装在Linux系统中。
cd ~/biosoft
wget 刚才你复制的下载链接(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
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安装 miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(若安装失败,则从此步重来)
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激活 miniconda
source ~/.bashrc
添加镜像,加快下载速度
中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda的使用(下载软件)
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
- 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes,你可以试试不加-y有什么区别】。默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y(引自:生信星球)
若conda出现下载问题,也可通过直接网站下载fastqc,安装在linux中,
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html
- 确认fastqc软件是否安装成功
fastqc --help
,如果出现一大片文字,这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档,所以出现了这篇帮助文档,就可以确定已经安装成功。
- 卸载软件命令
conda remove fastqc -y
需要深入指路:
“conda 环境”