2021-08-23 学习小组Day3笔记--动感光波

Linux 入门--软件安装

首先安装conda,这是个相当于linux系统下的应用商店的存在。日常生信用miniconda即可。安装好miniconda后,下载fastqc软件。


miniconda安装

  • 网页搜索 “miniconda 清华”镜像(清华的conda镜像网站)
    首先,查询自己的电脑是多少位的:
    uname -a
    结果是64位,然后,在网页搜“miniconda 清华”,找到Linux最新版本的(latest)64位版本,Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,sh表示程序后缀。右键复制其网址,构建一个目录,利用wget命令将其安装在Linux系统中。
    cd ~/biosoft
    wget 刚才你复制的下载链接(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    镜像安装

  • 安装 miniconda
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    (若安装失败,则从此步重来)

    安装成功

  • 激活 miniconda
    source ~/.bashrc

    激活成功

  • 添加镜像,加快下载速度
    中科大的镜像

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda的使用(下载软件)

  • 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
    列表
  • 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes,安装过程中conda问你的问题全部回答yes,你可以试试不加-y有什么区别】。默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
    如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y(引自:生信星球)

若conda出现下载问题,也可通过直接网站下载fastqc,安装在linux中,
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html

下载

手动安装fastqc

  • 确认fastqc软件是否安装成功

fastqc --help,如果出现一大片文字,这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档,所以出现了这篇帮助文档,就可以确定已经安装成功。

  • 卸载软件命令
    conda remove fastqc -y

需要深入指路:
“conda 环境”

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