Linux软件管理工具conda
conda 相当于Linux的应用商城
特点：方便快捷
日常生信分析使用miniconda即可满足
下载及安装miniconda
- 下载
1.1 进入 清华的conda镜像网站
1.2 查看自己服务器版本信息：uname -a
1.3 复制最新版本下载链接：版本：Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh;
链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
1.4 进入biosoft目录：cd biosoft
1.5 下载miniconda：wget 链接
- 安装
2.1 使用上述步骤下载的脚本安装miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(出现版本信息按回车跳过，程序指令让你enter就enter，让你yes就yes)
安装过程
程序指令
2.2 激活：
source ~/.bashrc
激活
2.3 添加镜像（解决国内下载速度慢问题）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
miniconda 的使用
1.安装软件
1.1 查看已安装的软件列表：
conda list
软件列表
1.2 搜索conda软件（以fastqc为例）：
conda search fastqc
fastqc软件信息
1.3 安装fastqc软件：
conda install fastqc -y（若需指定版本：conda install fastqc=0.11.7 -y）
安装fastqc过程
1.4 卸载软件：
conda remove fastqc -y
2.conda环境
在不同的项目处理过程中，可能存在对同一软件的不同版本需求，在conda中针对不同项目创建不同的环境，可以针对性地安装不同版本软件，从而实现互不干扰。
2.1 查看当前conda环境：
conda info --envs
当前conda环境
2.2 创建名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建过程
conda环境中增加了rna-seq
2.3 激活新的环境：
conda activate rna-seq
激活环境（*出现在rna-seq行表明激活）
2.4 退出当前环境 ：
conda deactivate
退出当前环境
