生信入门学习Day3
linux环境下安装软件
大纲
- 什么是conda
- miniconda
- 安装配置
- 搜索，安装，卸载软件
- 同一个分析使用不同的软件版本
conda
相当于电脑的360软件管家，相当于手机的app store. miniconda可以满足生信日常需求。anaconda包含额外150个high quality packages
Notes: Linux系统与常用的windows, mc区别是非图形可视化，没有图案，没有窗口，没有双击，实现操作，比如建文件夹，比如建文档，比如给文档编辑文本。。。都是通过代码来实现
下载miniconda
- keyword: miniconda 清华
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
- 查看服务器多少位 uname -a
- 右键复制链接
- 自动补全 类似gmail邮箱 输入部分可以按tab补全
- wget 链接
Note: windows, 左键点一下 复制，右键点一下 粘贴 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- sh是脚本文件后缀，类似.txt .xls .word
- 脚本？是一个程序，后台的代码
安装miniconda
- bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- press ENTER to continue
- Do you accept the license terms? yes
- 安装指示：Thank you for installing Miniconda3!
激活miniconda
- source ~/.bashrc
- 输入conda，出现满屏信息说明成功
Notes: 如果安装中途打错内容，不可以删除命令，因为不是代码，常规写代码时候可以删除，可以使用ctrl + c取消安装
镜像网站？主网站的副本，内容相同，可以加快下载速度
使用conda
- conda list 查看当前服务器上安装的所有列表
- conda search fastqc 搜索软件
- conda install fastqc -y 安装fastqc软件， -y的意思是安装过程中问的问题都回答yes
- conda install fastqc=0.11.7 -y 安装指定软件版本
- conda remove fastqc -y 卸载软件
conda环境
- 每个项目种分析不同数据/同一个项目中需要用到一个软件的多个版本，如何实现？定制不同分身
- 分身？ 不同的conda environment
- conda info --envs 查看当前conday有哪些环境
- 带*是默认环境
- 重点！！！ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
- conda activate rna-seq 激活指定conda 环境
- conda deactivate 退出当前环境
学习成果
- search fastqc失败，后面的还没有实战操作
- 写代码比较有趣
- 需要反复练习，有的代码/命令昨天做过的也忘记了，需要多温习，多操作
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