1.Grid

（1） 打开蛋白，“Grid->Macromocule->Open”，打开“r.pdbqt”。弹出的对话框，点击Yes及确定

（2） 打开小分子，“Grid->Set Map Types->Open ligand”

（3） 设置GridBox，“Grid->Grid Box…”，打开Grid Options对话框。调整X,Y,Z及格子中心坐标。PDB中的蛋白大多能查到结合信息，如果查不到，在不知道结合位点的情况下，就把盒子大小设置为罩住整个蛋白：

设置完成后点击Grid Options 菜单中：File→Close saving current （保存并关闭对话框）。

（4）保存gpf文件。ADT菜单栏：“Grid->Output->Save GPF”，对话框中，就写g.gpf做为文件名。注意：不要省略后缀名。

（5） 运行autogrid
Run->Run Autogrid，如图所示，点击Launch。

有个小弹窗出来，等待它消失，此时工作目录会多出一堆文件。

2. 进行docking（对接）

（1）打开蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid macromocule，选择r.pdbqt

（2）打开小分子：Docking->Ligand->Open，选择nap.pdbqt。对话框选择Accept

（3）设置算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept采用默认设置
注：选择local是为了快速计算，也可选Genetic Alogorithm，计算更精确一些。如果这里算法改变，对应导出参数文件OUTPUT时也应相应改变。
（4）设置对接参数：Docking->Docking Parameters，Accept采用默认设置

（5）导出为dpf对接参数文件：Docking->Output->Local Search（4.2），文件名d.dpf。注意：加上后缀名

（6）Run->Run AutoDock，如图所示，点击Launch。

image.png

又弹出一个小框框，等他消失。发现多了一个dlg文件，这就是对接的最终结果，一般有50种对接方式。

3.查看对接结果

Analyze->Docking->Opend.dlg,确定
加上受体大分子，Analyze->Macromolecule->Open
一个个的查看刚才对接的结果，按能量排序
Analyze->Conformations->Play，ranked by energy
查看所有对接结果

查看对接能量的合理性：
Analyze-clusterings -show
可以看到各个能量分组下对接结果的个数。<0的是合理的，也就是说这50个对接结果只有一半合理，因此我们刚才按照能量排序，只有前25个可用。

4.导出对接结果并转换成PDB格式

编号调回1，点击右边第二个按钮，然后Write Complex，生成结果的pdbqt文件，我们就命名为”result1.pdbqt”。注意不要忘了后缀名。

打开Open Babel软件，找到刚才的result1.pdbqt，写好输出的pdb文件名，然后点击CONVERT按钮即可完成转换。
（教程涉及的软件可在生信星球公众号回复“autodock”获得）

用Pymol打开则可看到可视化的对接结果（再次惊现神奇gif）：

对接结果

完结完结！开心！

总结：

总结

准备工作：

设置工作目录，用pymol去除水分子，分离蛋白和小分子，得到各自的pdb文件。

（如果是预测得到的蛋白pdb，那就直接拿来用咯，只需要分离或者查找到小分子的3d结构。推荐的网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top）

第一步：准备坐标文件（pdbqt）

pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式，包括：
1）极性氢原子；
2）局部电荷；
3）原子类型
4）柔性分子的节点信息
因此，将蛋白和小分子各自导出为pdbqt文件：
蛋白：加氢、计算电荷、添加原子类型
小分子：加氢、计算电荷、确定root（扭矩中心），选择可旋转的键。
注意：小分子作为配体，它的读取和导出都在Ligand菜单进行。

第二步：Grid

利用 AutoDockTools 创建 grid 格点参数文件(GPF)，主要是设置gridbox的中心坐标和大小。
运行autogrid，工作目录会多出一个glg文件和一些mapping文件。

第三步：docking

在 AutoDockTools 中生成对接参数文件(DPF)，包括算法和对接参数。
运行autodock，工作目录会多出一个dlg文件。

第四步：分析对接结果-Analyze

使用 AutoDockTools 分析对接结果dlg文件，选择最好的导出为pdbqt，再转换为pdb格式。

参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-3196388-1090023.html

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