社区获得性感染是在社区获得入院就已经存在的感染，而医院获得性感染是入院超过48h以后发生的感染（如果是传染病，入院时间超过其平均潜伏期）。在表面上，这两者只是发生地点的区别，实际上还有一些非常本质的区别。
（一）病原体的区别
针对细菌性感染，社区获得性和医院获得性，病原体上有着较明显的区别。比如常见的社区获得性肺炎和医院获得性肺炎。
针对社区获得性肺炎，青壮年无基础疾病患者感染的常见病原体是肺炎链球菌、肺炎支原体、流感嗜血杆菌、肺炎衣原体等；老年人或有基础疾病患者感染的常见的病原体是肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、需氧革兰氏阴性杆菌、金葡等。而医院获得性肺炎分为早发性医院获得性肺炎（入院>2天~<5天）和晚发性的医院获得性肺炎（入院>=5天发生）。早发性医院获得性肺炎可能病原体除了肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金葡这些以外，肠杆菌科的细菌逐渐增多，比如大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、粘质沙雷菌等。晚发性的医院获得性肺炎（入院>=5天发生），除早发性医院获得性肺炎感染的病原体以外，更多的是多耐药的肠杆菌科（肺克、大肠），还有铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌这些非发酵菌的感染。
（二）病原体耐药性的区别
就细菌性感染而言，社区获得性感染以敏感菌居多，多重耐药比较少见，当然具体以当地细菌耐药性分析的流行病资料为准。而医院获得性感染，越是晚发性感染，多重耐药菌感染越突出，预后越差。
一旦出现耐药，要落实相应的措施防止不同患者间的交叉感染。而针对患者本身，除了耐药基因的垂直传播以外，还可以通过转化、质粒、噬菌体的普遍性转导等方式进行水平传播感染其他菌种，进一步加重了多重耐药菌的产生和治疗的困难。这也是为什么在最新《多重耐药菌防控专家共识》里面，即使同种的多重耐药菌也建议单间隔离而不是像以往提倡的放在同一间。就怕同种多重耐药菌互相交叉感染后，耐药基因的互相传递造成彼此药敏的改变。
（三）治疗的区别
比如针对社区获得性肺炎，为了覆盖球菌和阴性菌，宜选用阿莫西林、二代头孢、莫西沙星、左氧氟沙星等，如果考虑支原体和衣原体，可用大环内酯类、多西环素。如果治疗3天未见明显好转，需考虑细菌耐药性，使用阿莫西林需联用酶抑制剂。轻中度的感染以口服抗菌药物为主。
而医院获得性肺炎，早发性医院获得性肺炎，针对球菌和肠杆菌科，宜选用头孢曲松（抗球菌作用弱）、阿莫西林/克拉维酸、莫西沙星、左氧氟沙星等；而晚发性的医院获得性肺炎的经验性用药，针对常见的耐药肠杆菌和铜绿等非发酵菌感染，宜选用抗假单胞菌的头孢哌酮钠舒巴坦钠、头孢他啶、哌拉西林他唑巴坦、亚胺培南等。治疗宜静脉给药，后期好转可改为口服给药。
