质控过滤软件有cutadapte trimmomatic trim_galore fastp 等，在选择对数据处理的软件时，要根据质控结果选择最优的。
刚开始对转录组原始数据进行处理时，用了trim_galore，这个相较于cutadapter trimmomatic代码相对简单，我用到它的代码参数如下：trim_galore -q 25 --phred33 --length 36 --stringency 3 --paired -o $dir $fq1 $fq2。参数：--phred33(illumina1.9)和64(illumina1.5)；-q控制的质量分数阈值；-length是丢弃小于此长度的读段；-stringency和接头序列重叠修剪的序列。
我的clean数据质控后，per sequence quality content及sequence duplication levels不合格，因此我选择fastp 进行处理，查看fastqc质控结果，per sequence quality content显示前12bp碱基有问题，可能被接头污染，因此用fastp去除前12bp碱基;sequence duplication levels不合格显示重复序列过多，用fastp进行去重，因为其它部分质控结果没有问题，有的参数进行关闭，我的代码如下： fastp -A -L -Q -f 12 -F 12 -D -i FRAS210250522-1r_1.clean.fq.gz -I FRAS210250522-1r_2.clean.fq.gz -o FRAS210250522-1_fastp.fq.gz -O FRAS210250522-2_fastp.fq.gz
参数：-A关掉去接头参数；-L关掉过滤短序列；-Q关掉过滤低质量；-f是去除read1序列首的前12bp；-F是去除read2序列首的前12bp；-t及-T是去除read1和read2序列尾序列（我不需要该参数未列）；-D开启去重；-i及-I输入read1和read2文件名；-o和-O输出处理后的read1和read2文件名。
per base sequence content 开头片段出现波动，一般出现在基于转座酶或内切酶的建库方法的测序数据，因为酶识别区域存在一定偏好性，这种情况属于正常。若结尾片段出现波动，可能市接头没有去除干净，可用过滤软件进行修剪。
图：用前
图：fastp去除前12bp及去重后，fastqc数据及格
虽然数据正常可用了，但是因为不确定重复是由于PCR扩增引起，因此暂时不做处理。
去重软件还有以下：samtools rmdup/sambamba markdup -r/picard
