immunedeconv这个R包是一个免疫细胞比例估算集大成者，把常见的免疫细胞估算的算法都包括进去了，包括quantiseq、timer、cibersort、cibersort_abs、mcp_counter、xcell、epic、abis、consensus_tme、estimate，使用一个R包可以采用这些不同算法来计算免疫细胞比例。一般生信文章中经常会比较风险模型评分与免疫细胞比例的相关性，常见的图如下：
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（图片来源：https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2023.1171811/full）
但是immunedeconv这个R包的安装不太容易，github上面描述比较简单：
install.packages("remotes")
remotes::install_github("omnideconv/immunedeconv")
运行后报错：
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网上有一些帖子说是把IE的设置里面设置一下，但是我发现还是无法解决问题。于是手动去https://github.com/omnideconv/immunedeconv/releases下载压缩包来本地安装，结果发现这个包有一大堆依赖包：
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依赖包安装代码：
devtools::install_github("GfellerLab/EPIC", build_vignettes=TRUE)
install.packages("testit")
install.packages("data.tree")
install.packages("limSolve")
install.packages("ComICS")
install.packages("pracma")
BiocManager::install("sva")
devtools::install_github('dviraran/xCell')
install_github("ebecht/MCPcounter",ref="master", subdir="Source")
BiocManager::install("singscore")
devtools::install_github("cansysbio/ConsensusTME")
devtools::install_github("cit-bioinfo/mMCP-counter")
BiocManager::install("quantiseqr")
最后再手动本地安装immunedeconv包。
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终于可以成功加载了。
