sratools 使用教程

首先获得对应数据的ACC号。这个在NCBI中选择好数据后，选择send to - file - Acc list然后下载即可


Acc号获取

对于单个的数据文件可以直接使用 prefetch SRR_acc 即可下载

prefetch SRR_acc

若要批量下载则先把acc号存放到一个内（直接下载的csv文件即可）

prefetch -option-file Acc_number_file.csv

下载完成后可以获得对应的sra文件


sra文件

这个跟我们常见的 fastq文件并不一样，需要使用sratools的工具对其进行拆分

fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq

除了fastq- dump 外，它还有个更快的版本。fasterq-dump可以使用，据说后者使用的是多线程，速度会快一些，但是依赖网络。
批量拆分数据

for i in `ls`; do fasterq-dump --split-3 $i -O fastq ; done

注：不同数据的拆分方式似乎有些不同，使用时应当加以注意

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