首先获得对应数据的ACC号。这个在NCBI中选择好数据后,选择send to - file - Acc list然后下载即可
Acc号获取
对于单个的数据文件可以直接使用 prefetch SRR_acc 即可下载
prefetch SRR_acc
若要批量下载则先把acc号存放到一个内(直接下载的csv文件即可)
prefetch -option-file Acc_number_file.csv
下载完成后可以获得对应的sra文件
sra文件
这个跟我们常见的 fastq文件并不一样,需要使用sratools的工具对其进行拆分
fastq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq
除了fastq- dump 外,它还有个更快的版本。fasterq-dump可以使用,据说后者使用的是多线程,速度会快一些,但是依赖网络。
批量拆分数据
for i in `ls`; do fasterq-dump --split-3 $i -O fastq ; done
注:不同数据的拆分方式似乎有些不同,使用时应当加以注意