当食品中检出典型大肠菌群，表示食品受到人与温血动物粪便近期污染，其它菌属可能为粪便的陈旧污染。将大肠菌群作为食品粪便污染的指示菌，原因主要是：
①大肠菌群来源有特异性，仅来自肠道；
②在肠道中数量较多，易于检出；
③在外界环境中有足够的抵抗力，能生存一定时间；
④食品细菌学检验方法敏感、简易。
肠道致病菌如沙门氏菌属和志贺菌属等，是食品安全性的主要威胁，鉴于大肠菌群的上述特点，特别是粪便中存在数量较大，与肠道致病菌来源相同，而且一般条件下大肠菌群在外环境中生存时间也与主要肠道致病菌一致，所以大肠菌群的另一重要食品卫生学意义是作为肠道致病菌污染食品的指示菌。
