vcftools常见用法

1. 提取某份材料的vcf文件

vcftools --gzvcf A03.inv.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --indv ECD04 > ECD04.vcf

2. 提取部分材料的vcf文件

/120t/caix/miniconda3/bin/vcftools  --gzvcf  21SBR.JZS.snp.miss01MAF005.plink.vcf.gz   --keep BraTypes.revised.lst.id  --maf 0.000001 --recode --recode-INFO-all --out 21SBR.snp.0706
bgzip 21SBR.snp.0706.recode.vcf
tabix -p vcf 21SBR.snp.0706.recode.vcf.gz

3. 按照染色体提取VCF

/120t/caix/miniconda3/bin/vcftools  --gzvcf  21SBR.snp.0706.recode.vcf.gz  --chr A01  --recode --recode-INFO-all --out 21SBR.snp.0706.A01
bgzip 21SBR.snp.0706.A01.recode.vcf
tabix -p vcf 21SBR.snp.0706.A01.recode.vcf.gz

4. 按照染色体指定区域的vcf

vcftools  --gzvcf  21SBR.JZS.snp.miss01MAF005.plink.vcf.gz --chr A09   --from-bp 5737990 --to-bp 7478924  --out INV1  --recode --recode-INFO-all
bgzip INV1.recode.vcf
tabix -p vcf INV1.recode.vcf.gz
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