学习小组-Day1-GAGA

在学习中遇到问题怎么办??

  • 自己搜索
    通过搜索引擎搜索下载软件、解决报错、某个不够详细的点想要自学。
    搜索引擎:谷歌(首选)——必应(其次)——虫部落快搜(里面涵盖所有的搜索引擎)
    专业教程:搜狗微信——搜狗知乎——简书——github
  • 和小组成员讨论
  • 如何提问??礼貌提问,描述问题需要用截图

搭建高效学习平台

  • 浏览器:谷歌浏览器可以添加插件,即时翻译的“沙拉查词”,实现pubmed直接显示影响因子的Scholarscope等
  • 电脑文件搜索:Everything(windows)
  • 快捷截图软件 snipaste:双击打开,F1是快捷键!!!
  • 电脑版微信:使用截图和文件传输助手

电子笔记

  • 两个思维导图软件:幕布和xmind(推荐用markdown格式)

markdown编辑器操作

  • 新建一篇空白笔记——预览模式(左边为编辑区域,右边为预览区域,在左边输入markdown语法的文本,右边就会呈现出来)

?设置标题:#和标题之间建议保留一个字符的空格,一级标题一个#,二级标题两个#

?设置列表:在文字前面加上-

  • 文本1
  • 文本2
  • 文本3

?有序列表

  1. 文本
  2. 文本
  3. 文本

?插入链接:显示文本!!!
Seurat

?引用:在引用的文字前面加上>

一盏灯...

?粗体和斜体:用两个包含的一段文字就是粗体,用一个包含的一段文本就是斜体
一盏灯,一片黄昏;一简书,一杯淡茶...

?代码引用:如果引用的语句只有一段,不分行,可以用·将语句包起来;如果引用的语句为多行,可以将···加在这段代码的首行和末行。

seurat标准分析(去掉可视化的步骤)
pbmc.counts <- Read10X(data.dir = "pbmc3k/filtered_gene_bc_matrices/hg19/")
pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.counts)
pbmc <- NormalizeData(object = pbmc)
pbmc <- FindVariableFeatures(object = pbmc)
pbmc <- ScaleData(object = pbmc)
pbmc <- RunPCA(object = pbmc)
pbmc <- FindNeighbors(object = pbmc)
pbmc <- FindClusters(object = pbmc)
pbmc <- RunTSNE(object = pbmc)
pbmc <- RunUMAP(object = pbmc)
DimPlot(object = pbmc, reduction = "tsne")
Dimplot.png
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