starbase(ENCORI)

database网址

数据库的简单介绍可以看下知乎这个视频

知乎关于database介绍

利用命令行工具curl批量下载miRNA预测的靶基因数据

ENCORI 界面点击Web API，出现API Panel包括八个应用：
1应用描述
2命令参数解释
3输出格式解释
4例子

API miRNA-Target

实际运用

首先需要文本文件

#miR.txt
hsa-miR-320c
hsa-miR-338-3p
hsa-miR-383-5p
hsa-miR-409-5p
hsa-miR-539-5p
hsa-miR-1238-3p
hsa-miR-545
hsa-let-7i*
hsa-miR-129*
hsa-miR-99a*
hsa-miR-3713
hsa-miR-4270

下载数据
我设置的参数为：

• clipExpNum='3'
• degraExpNum='1'
• pancancerNum='3'
• programNum='3'
• target='all'

#!/bin/bash
Bingin=`date +%s`
echo "$HOSTNAME"
echo "Doneload start now! "
echo 

cat miR.txt |while read id;
do
    CURL="curl 'http://starbase.sysu.edu.cn/api/miRNATarget/?assembly=hg19&geneType=mRNA&miRNA=${id}&clipExpNum=3&ampdegraExpNum=1&pancancerNum=3&programNum=3&program=None&target=all&cellType=all'> ENCORI_hg19_CLIP-seq_${id}_all.txt"
    echo -e "\n${id}\n${CURL}"
    echo 
    echo 
    eval ${CURL}
done

End=`date +%s`

echo
echo "Doneload complete!"

Ttotal=`expr $End - $Bingin`
echo "Total time is: $Ttotal"

其中里面有几个miRNA 数据库里面没有检索到。

数据内容(选取了我认为重要的列)：

miRNAname       geneName  chromosome  clipExpNum  clipExpNum  degraExpNum  RBP               PITA  RNA22  miRmap  microT  miRanda  PicTar  TargetScan  pancancerNum
hsa-miR-383-5p  MEAF6     chr1        8           8           1            AGO1-4,AGO2       1     0      1       0       1        0       0           3
hsa-miR-383-5p  VPS72     chr1        7           7           0            AGO1-4,AGO2       1     0      1       0       1        0       0           5
hsa-miR-383-5p  DDI2      chr1        4           4           0            AGO1-4,AGO2       1     0      0       1       1        0       1           3
hsa-miR-383-5p  SFN       chr1        7           7           2            AGO1-4,AGO2       1     0      0       0       1        1       0           9
hsa-miR-383-5p  PRRX1     chr1        5           5           0            AGO1-4            1     0      1       0       1        0       0           3
hsa-miR-383-5p  AP3M1     chr10       5           5           1            AGO1-4            1     0      1       0       1        0       0           3
hsa-miR-383-5p  SHTN1     chr10       6           6           0            AGO1-4,AGO2       1     0      1       0       1        0       0           4
hsa-miR-383-5p  PRDX3     chr10       18          18          2            AGO1,AGO1-4,AGO2  1     0      1       0       1        0       1           6
hsa-miR-383-5p  DDX21     chr10       17          17          0            AGO1,AGO1-4,AGO2  1     0      1       1       1        0       0           5