1.psRNATarget

http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/

一个在线的植物小RNA的靶基因预测工具，发表在核酸研究上。

2.TAPIR

一个在线的植物micRNA的靶基因预测工具。

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/

3.miRBase

http://www.mirbase.org

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA 序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

4.miRecords

http://mirecords.biolead.org/

动物 miRNA 的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

5.PMRD

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

PMRD是一个关于植物MicroRNA 数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。

6.CoGeMiR

http://cogemir.tigem.it/

CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。

7.MicroRNAdb

http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php

MicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今，该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。

8.miRWalk

http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。

9.TarBase

http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。

10.miRGator

http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html

miRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测，可以对miRNA的生物学功能进行推测。

11.miRGen

http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html

miRGen是一个整合型数据库,包括：(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。

12.miRNAMap

http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。

13.Vir-Mir

http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。

14.ViTa

http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由 miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。

15.ASRP Database

http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/

ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息，这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。

16.miRNApath

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。

17.miRex

http://miracle.igib.res.in/mirex/

miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库，搜集，整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据，它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。

18.PolymiRTS

http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/

自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.

19.SeqBuster

http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/

一个生物信息学在线工具，通过高深度测序来研究miRNA的变异。

20.WMD3

http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi

用于设计人工的miRNA

21.TargetScan

http://www.targetscan.org/

TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。

22.microRNA.org

http://www.microrna.org/

miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。

23.PicTar

http://www.pictar.org/

PicTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。该可搜索的网站可以提供以下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息，包 括：脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标(例如：表达在同一组织的microRNA和mRNA)。

24.RNAhybrid

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用.

25.microInspector

http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/

microInspector提供miRNA结合位点的预测。

26.TripletSVM

http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/

TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的miRNA前体物的程序.

27.TransmiR

http://cmbi.bjmu.edu.cn/transmir

TransmiR是关于转录因子的microRNA调节的数据库，对于用于学术研究室免费的。

28.miR2Disease

http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp

miR2Disease数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息.

29.S-MED

http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php

S-MED(肉瘤microRNA表达数据库)是一个存储miRNA表达谱的数据库，这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。

30.PMRD

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

植物microRNA数据库

31.deepBase

http://deepbase.sysu.edu.cn/

deepBase从新一代测序技术(深度测序技术，deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA，piRNA，siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。

32.starBase

http://starbase.sysu.edu.cn/

starBase 从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradome sequencing)搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标

33.PITA

http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

PITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。

34.RNA22

http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

RNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。

35.miRTarBase

http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

36.miRanda

http://www.microrna.org/microrna/home.do

miRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似，但它以碱基互补(如A=U,G=C等)代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等)来构建打分矩阵，允许G=U错 配，为了体现miRNA3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数(5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱 基得分值相加作为碱基互补得分)。同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L-5(L为 miRNA总长)位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。

37.DIANA-microT

http://www.microrna.gr/microT

DIANA-microT是KiriakidouM等基于实验和计算生物学方法开发的miRNA靶基因预测软件。和miRanda预测结果中可能出 现一个miRNA对应多个靶位点或多个miRNA对应一个靶位点而丢掉了miRNA调控单个靶位点不同的是，DIANA-microT考虑了miRNA调 控单个靶位点的情况。DIANA-microT预测算法基于以下两点来判别miRNA靶基因：①miRNA和靶基因间的高亲和力，主要通过结合能来衡量。 ②影响miRNA和靶基因所形成二聚体茎环结构环部位置和环大小的miRNA相关蛋白可能指导miRNA和靶基因的相互作用。

38.RNAhybrid

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

RNAhybrid是Behmsmeier M等[15]基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间 形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂度也相应增加，但RNAhybrid和其它RNA二 级结构预测软件诸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比，仍具有明显的速度优势。此外，RNAhybrid允许用户自定义自由能阈值及p值，也允许用户设置杂交位点的 偏向，如杂交位点必须包含miRNA 5’端2-7nt等。

--------转自生信人

相关书籍推荐：

初学者可以参考如下书籍：

崔世英《实用miRNA研究进展》；

方福德《miRNA的研究方法与应用》；

2021-05-09-广陵