生信星球 DAY 4，5，6 — R语言入门 ...

R语言.png

一 .什么是R，R studio，R包

R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能
Rstudio是R语言的集成开发环境(Integrated Development Environment)。相对于R，R studio界面更人性化（必须先装R，才能使用RStudio）
R包是R的扩展，相当于把R的函数进行打包用于实现某种特定目的。通过利用已有的R包你可以更快更简单的实现自己的目的，而不需要用R语言一点点编写完成自己的目的。

R studio 操作界面.png

二. R，R studio 的安装

R及Rstudio的安装
 当Rstudio杠上中文用户名

三 . R的使用

1.R studio的外观设置
Tools--Global Options--Appearance

外观设置

数据处理
2.R studio界面介绍

2.1脚本编辑区

功能键
Save:保存
放大镜:查询替换
荧光棒：代码工具
笔记本：脚本编辑报告
Run：运行
Re-run:再运行
快捷键
新建脚本：Ctrl+Shift+C
编辑代码
运行所有/指定代码：Ctril+Shift+Enter/Ctril+Enter
补全：Tab
选择替换：Ctrl+F
赋值：Alt+-

2控制台（Console）
- 功能键
  箭头：曾用工作目录
  扫帚：清空控制台
- 快捷键
  中断：Esc
  全部清空：Ctrl+L
  上下条历史命令：上/下箭头

2.3 工作空间（Workspace）和历史（History）窗口

Environment: 查看变量
History: 历史代码

画图和帮助窗口
- Files：工作目录和文件
- Plot：图片查看与输出
- Package：R包
- Help: 帮助文档

二. 基本函数

1.管理工作目录
设置保存文件夹：set("文件夹路径")
查看保存文件夹：getwd()
对于多个并行项目可以新建new project

2.显示文件列表
dir ()
list.file()

3.赋值:
将x定义为由元素1，2，3组成的向量 : x<- c(1,2,3)
1-10之间所有的整数: x<- 1:10
1-10之间每隔0.5取一个数: x<- seq(1,10,by = 0.5)
1-3 重复2次: x<- rep(1:3,times=2)

4.删除变量
单一：rm()
多个：rm(a,b)

5.列出历史记录
所有：history()
指定数量：history（n）

三. 数据类型

1.向量;一维

 #提取元素
       #根据元素位置

            x[4] #x第4个元素
            x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
            x[2:4]#第2到4个元素
            x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
            x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
       
 #根据值


            x[x==10]#等于10的元素
            x[x<0] #小于0的元素
            x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

2.矩阵：二维，多个长短，类型均相同的向量

3.数据框：多个长短，类型均可不同的变量，比如表格

#设定工作目录（见基本函数）

#读取数据
    read.table/csv/...( )

          file：文件的相对路径或者绝对路径，Windows下路径要用/或\\
          sep：分隔符，默认为空格。可以设置为','，';'和制表符(tab)
          header：设置为T时第一行作为列名
          如果数据集中含有中文，加上参数fileEncoding='utf-8'
          Excel表格未转化成csv格式,可以安装readxl包，read_excel（）


#  提取行，列名
      colnames(X) #查看列名
      rownames(X) #查看行名
      colnames(X)[1]<-"A"#修改第一列名为A

#  提取元素，X为变量名
      X[x,y]#第x行第y列
       X[x,]#第x行
       X[y]或X[,y]#第y列
      X[a:b]#第a列到第b列
       X[c(a,b)]#第a列和第b列
      X$列名#也可以提取列

 # 数据框导出
      write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
          X：需要导出的数据
          file：导出的文件路径
          sep：分隔符，默认为空格（" "），也就是以空格为分割列
          row.names：是否导出行序号，默认为TRUE，也就是导出行序号
          col.names：是否导出列名，默认为TRUE，也就是导出列名
          quote：字符串是否使用引号表示，默认为TRUE，也就是使用引号表示


 # 保存及重新加载
      save.image(file="A.RData")#保存当前所有变量，格式为R.data
      save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
      load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令

四.R 包安装加载

设置镜像

1.1 新建R的配置文件：file.edit('~/.Rprofile')

1.2 运行：options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 清华源或options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源，然后保存并重启Rstudio。

1.3 查看镜像来源：options() $ repos/BioC_mirror
安装加载R包

安装：install.packages("包")
加载： library(包)
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