conda是什么

linux的应用商店，安装与管理linux上的软件

安装及设置镜像

使用清华的conda镜像

cd biosoft/
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #sh是脚本文件的后缀
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # bash是运行脚本
source ~/.bashrc
#添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

conda list
conda install *** -y #-y是对所有的询问回答yes，安装后能通过--help打开帮助文档即安装成功
conda remove *** -y

conda小环境

conda info --envs #查看
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #创建
conda activate rna-seq #激活
conda deactivate # 退出