1、mol

概述

mol 格式是一种用于表示分子结构的文件格式，最初由 MDL Information Systems 开发，广泛应用于化学和药物设计等领域。(适用于小分子的结构表示)

文件结构

标题行：通常包含关于分子的简单描述信息，如分子名称等。
原子信息部分：依次列出每个原子的详细信息，包括原子序号、原子类型、坐标（X、Y、Z）等。例如：1 C 0.0000 0.0000 0.0000 表示序号为 1 的碳原子，其坐标为原点。
化学键信息部分：描述原子之间的化学键连接情况，包括键的类型、连接的两个原子序号等。例如：1 2 1 可能表示原子 1 和原子 2 之间存在单键。
其他信息：可能还会包含一些其他的可选信息，如电荷、分子轨道等数据。

支持渲染的插件

kekule.js 、3dmol.js ....

kekule.js渲染的小分子

2、pdb

概述

PDB（Protein Data Bank）格式是一种广泛用于存储生物大分子（如蛋白质、核酸等）三维结构的文件格式。（适用于生物大分子，特别是蛋白质和核酸的结构存储）

文件结构

头部信息：包含了关于结构的各种元数据，如结构的名称、作者、来源、解析方法等。例如，HEADER 字段后面跟着蛋白质的名称和相关的实验方法。
原子信息：每行代表一个原子，包含原子的序号、名称、所在的氨基酸残基名称、残基序号、坐标等信息。例如：ATOM 1 N ALA 1 10.000 20.000 30.000 表示这是一个属于丙氨酸（ALA）残基、序号为 1 的氮原子，位于坐标（10.000，20.000，30.000）处。
连接信息：通过特定的记录类型来描述原子之间的连接关系，如 CONECT 记录会列出每个原子与其他原子的连接情况。
其他信息：还可能包含二级结构信息、配体信息、晶体学数据等。

3dmol.js渲染的蛋白质

支持渲染的插件

3dmol.js....