1、mol
概述
mol 格式是一种用于表示分子结构的文件格式,最初由 MDL Information Systems 开发,广泛应用于化学和药物设计等领域。(适用于小分子的结构表示)
文件结构
标题行:通常包含关于分子的简单描述信息,如分子名称等。
原子信息部分:依次列出每个原子的详细信息,包括原子序号、原子类型、坐标(X、Y、Z)等。例如:1 C 0.0000 0.0000 0.0000 表示序号为 1 的碳原子,其坐标为原点。
化学键信息部分:描述原子之间的化学键连接情况,包括键的类型、连接的两个原子序号等。例如:1 2 1 可能表示原子 1 和原子 2 之间存在单键。
其他信息:可能还会包含一些其他的可选信息,如电荷、分子轨道等数据。
支持渲染的插件
kekule.js 、3dmol.js ....
2、pdb
概述
PDB(Protein Data Bank)格式是一种广泛用于存储生物大分子(如蛋白质、核酸等)三维结构的文件格式。(适用于生物大分子,特别是蛋白质和核酸的结构存储)
文件结构
头部信息:包含了关于结构的各种元数据,如结构的名称、作者、来源、解析方法等。例如,HEADER 字段后面跟着蛋白质的名称和相关的实验方法。
原子信息:每行代表一个原子,包含原子的序号、名称、所在的氨基酸残基名称、残基序号、坐标等信息。例如:ATOM 1 N ALA 1 10.000 20.000 30.000 表示这是一个属于丙氨酸(ALA)残基、序号为 1 的氮原子,位于坐标(10.000,20.000,30.000)处。
连接信息:通过特定的记录类型来描述原子之间的连接关系,如 CONECT 记录会列出每个原子与其他原子的连接情况。
其他信息:还可能包含二级结构信息、配体信息、晶体学数据等。
支持渲染的插件
3dmol.js....