胞嘧啶甲基化后 5-mc 不能被 重亚硫酸盐（NaHSO3）处理
没有发生甲基化修饰的胞嘧啶，被重亚硫酸盐 转变为尿嘧啶
考虑甲基化时， waston and crick 链都要考虑
没有甲基化修饰的C→U→PCR变为T
把人类参考基因组的
① C-to-T
②G-to-A
mapping的时候，重亚硫酸盐处理gragments，未经过修饰的C将变为T，此时再把其他没变的C变为T，即可知哪些C没变，即哪些C发生了甲基化修饰
（C甲基化倾向于 在C和G挨着的时候发生 CpG）
z Z CpG
x X CHG
h H CGG
measurinng DNA Methylation
- Methylation M
- Unmethylation U
在一个碱基位点，有的reads检测到甲基化，有的reads没检测到
%Methylation= M/(M+U) *100
！！比例而不是概率→高/低甲基化
在被测的细胞群体里，某些细胞里没有发生甲基化，某些细胞里发生了甲基化修饰
