上节讲到如何从PDB网站下载需要的蛋白，对其和原位配体进行准备之后；下一步就是准备你所需要和蛋白对接的小分子化合物，该步骤方式有很多，这里介绍一种简单快速的方法，适合较多小分子配体的收集。

1 首先我们以槲皮素为例，进入scifinder网站 （https://scifinder.cas.org），输入想要的小分子的名称或者CAS号码等都可； 可能需要注册，一般学校都会进行购买，可以进学校图书馆进行查询

2 点击搜索，进入下面页面，该成分化学结构式如下；

3 双击化学结构式，然后分别选择如下选项；

4 双击结构式；

5 进入结构式编辑页面，将结构式保存为mol格式

6 将保存的格式用chembio软件打开；

7 橡皮擦擦去不需要的地方；

8 处理完毕之后，另存为.cdx格式；

9 应用chembio 3D将以上保存的文件打开，选择以下模式对结构式进行能量最小化；

10 点击run，运行能量最小化程序；

11 将以上小分子配体文件处理好之后，保存为mol.2格式。

好了，以上就是需要进行对接的小分子配体的初步处理方案，后面就涉及到vina软件对大分子蛋白和该小分子配体的预处理，将在下一节介绍。如有问题，请关注木初或留言交流，谢谢！