考虑到需要使用本地blast,提前把需要的数据库下载完成。之前下载都是用 wget -c 和迅雷超级会员,没有用过aspera。
ftp路径:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/public/
下载内容:FASTA 下的nr /nt /pdbaa /swissprot , 4个数据库,总共数据量大约150G
~/.aspera/connect/bin/ascp -QT \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
-k1 -l 300m \
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./
NCBI 公共账号: anonftp
EBI 公共账号:era-fasp
ftp网址为
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz
需要改为:
anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz
试过博客里推荐的:
(1)anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ,失败
(2)增加过端口 -P 33001 ,失败
aspera 显示的下载速度是 90M/s 左右,比较稳定,但是也还是会断的~~