综述2015年发表在JMC上的由片断到先导化合物的药化工作

基于片断的药物设计(FBDD)技术当前被广泛用于发现新分子实体药物。多个源于FBDD的分子已进入临床阶段,BRAF激酶抑制剂vemurafenib和Bcl-2抑制剂venetoclax也已经被批准上市用于肿瘤的治疗。最近JMC上发表的一篇综述对2015年基于此策略的工作进行总结,下面对该篇综述进行简要介绍。

文献作者的筛选原则如下:

  • 真正确认文章工作所用的策略为FBDD。
  • 片断苗头的分子量小于300,这与“片断三规则(rule of three)”一致。
  • 片断苗头必须源自可识别的筛选过程(比如,通过生物测试、生物化学方法、X-ray、虚拟筛选或这些测试手段的任意组合),或者源自已知配体的分解。
  • 先导化合物的“效价强度/亲和力(potency/affinity)”大于等于2 uM。而且相对于片断,potency/affinity应提高100倍以上。
  • 文章发表时间在2015年内。

通过对2015年发表的27篇FBDD文章进行统计,得到以下结论:

  • 如图A,学术机构、企业以及合作机构中,文章单位以企业为主,占到了67%;
  • 如图B,针对的靶点依次为激酶(33%)、其它酶(30%)、蛋白-蛋白相互作用(PPI,18%)、蛋白酶(15%)和GPCR(4%);
  • 如图C,有85%的文章使用了单晶结构数据;
  • 如图D,主要的活性筛选技术依次为Biochemical assay(28%)、Ligand observed NMR(17%)、Tm(17%)、Protein observed NMR(11%)等等。
文章分布情况

综述作者还对27篇文章中化合物分子量、cLogP、化合物效能(efficiency)、pPotency-MW关系进行了统计分析,如下图所示。

化合物性质统计分析

持续关注这些统计数据的变化过程,对于了解FBDD技术的发展过程和方向具有重要的意义。最后,附上15年FBDD工作的化合物结构列表,感兴趣的朋友可以去阅读原文,深入了解。

Fragment to Lead Publication from 2015-1
Fragment to Lead Publication from 2015-2
Fragment to Lead Publication from 2015-3
Fragment to Lead Publication from 2015-4
Fragment to Lead Publication from 2015-5

参考文献:DOI: 10.1021/acs.jmedchem.6b01123

作者:锄草人

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