文献分享(Stereo-seq)--一种保守的再上皮化程序是胰腺导管腺癌恶性转化的基础

作者,Evil Genius

假期结束,牛马上线。

无论什么时候,希望大家都保持乐观的心态,30岁以后确实和20多岁很不一样,有了家庭孩子,事业各方面都容易受挫,磕磕绊绊;生活压力也大了很多,回想工作以后,最快乐的时候就是刚参加工作的时候,住的360块一个月的房子,工资4000多,只要养活自己就行。

现在就是好好做一做,坚持一天是一天,趁着自己还有学习的劲头,往自己身上加一些技能,至于有没有用,就让命运来决定吧。

今天我们分享华大空转(Stereo-seq)的文献,通讯作者是外国人,单位是清华大学。

大家还记得之前给大家说过每个组学对基因的分类是有区别的么?大家还知道基因组是怎么划分基因的么?还有转录组的划分,希望大家心里有数,多组学的联合分析绝对是趋势。

知识积累

胰腺上皮内瘤变(PanIN)在健康个体中普遍存在,但其可进展为浸润性胰腺导管腺癌(PDAC),是PDAC最主要的癌前病变。
PDAC的恶性转化核心在于:PanIN细胞获得穿透BM、脱离导管、浸润实质组织的能力。

分子机制与动物模型

小鼠模型显示:Kras突变 + 炎症 共同诱导PanIN形成。
Kras突变“锁定”一种肿瘤样程序,来源于短暂存在的化生性祖细胞。
PanIN→PDAC进展需要肿瘤抑制基因(TSG) 的额外缺失(如Cdkn2a、Trp53)。
PDAC发生伴随显著的转录可塑性,但具体驱动恶性程序的基因尚不完全清楚。

恶性侵袭的不同模式

上皮-间充质转化(EMT):
抑制E-钙黏蛋白,失去极性,单个间充质样细胞播散。
在小鼠PDAC模型中存在,但在人PDAC中仅约16%的晚期肿瘤出现,并非必需机制。
集体侵袭:
由整合素粘附复合物(IAC) 驱动,包括局灶粘附(FA)和侵袭小体。
半桥粒(HD)与伤口愈合程序的意外联系
1型半桥粒(HD) 通常局限于皮肤和角膜,功能是将复层上皮附着于BM。
在皮肤伤口边缘的角质形成细胞中,HD组分显著上调,并参与再上皮化过程中的细胞迁移。
伤口诱导的角质形成细胞程序包含大量与上皮迁移相关的粘附、骨架、蛋白水解、代谢基因。

结果1、与人类胰腺导管癌恶性肿瘤相关的转录程序

研究目标与方法
目标:识别与PDAC恶性程度相关的基因表达程序及其空间分布。
样本:10例未经治疗的、手术切除的原发性PDAC。
技术:Stereo-seq空间转录组学 + 非负矩阵分解(NMF)+ 稳健排序聚合(RRA)。
元程序(MP)的鉴定与分类
共鉴定出13个元程序(MP),其中大多数对应非肿瘤细胞(如内分泌细胞、腺泡细胞、成纤维细胞、巨噬细胞等)。
仅MP10和MP11与肿瘤细胞相关:
MP11 → 对应经典型PDAC
MP10 → 对应基底样型PDAC(预后更差)
MP10高表达在所有PDAC队列中均强烈预示不良预后。
MP10与MP11在PanIN→PDCA进展中的动态变化
病变阶段 MP表达模式 形态学特征
低级别PanIN(LG-PanIN) 仅表达MP11 良性腺体形态
高级别PanIN(HG-PanIN) MP11 + MP10 共表达(同一细胞) 恶性克隆沿导管定植
浸润性癌细胞 仅表达MP10(MP11关闭) 核异型性、腺体结构破坏
关键发现:MP10与恶性侵袭行为直接相关
基底膜突破:发生微浸润的细胞几乎总是从MP11转换为MP10。
血管浸润:参与血管浸润的癌细胞几乎全部只表达MP10,不表达MP11。
良性 vs 恶性:
MP11⁺only → 良性、结构规整的上皮
MP10⁺only → 恶性、浸润性癌细胞

结果2、在小鼠PanIN到PDAC进展过程中,MP10被激活。

小鼠模型中PanIN→PDAC的转录动态
阶段 模型 MP10表达 MP11表达
正常胰腺
ADM(早期化生) KC + CAE(2天) 激活 激活
PanIN(良性) KC + CAE(6周) 关闭/极低 进一步激活
PDAC(恶性) KIC(Cdkn2a缺失)或KPC(Trp53缺失) 强激活 减弱
关键转变:从PanIN到PDAC,MP11被MP10取代。
KRAS活性对MP10/11的调控
KRASG12D持续激活 → MP10高表达,MP11低表达
KRASG12D耗竭(dox撤除) → MP10下降,MP11上升(时间依赖性)
结论:MP10的维持依赖于高水平的KRAS信号。
单细胞测序揭示的罕见MP10⁺细胞
PanIN中:MP11⁺占主导(>96%),仅存在极少数(<4%)MP10⁺细胞,有时与MP11共表达。
早期浸润性PDAC(TSG缺失后):MP10⁺细胞比例扩大至近30%。
公共数据集验证:人/小鼠PanIN→PDAC均呈现相同趋势。
PanIN中罕见的MP10⁺细胞具有“双面”特征
高表达KRASG12D (驱动癌基因信号)
同时高表达TSG:CDKN1A、CDKN2A、CDKN2B
p53依赖性基因上调
生物学意义:PanIN可自发产生少数试图“恶性转化”的细胞(激活MP10),但同时内源性TSG程序被激活,限制其进一步侵袭——这是一种内在的“刹车”机制。

结果3、TSG敲除后PanIN中表达MP10的浸润性细胞快速扩增

PanIN中天然存在罕见的MP10⁺细胞
模型 发现
人PDAC旁的LG-PanIN 存在少量MP10表达细胞
KC小鼠的LG-PanIN 存在罕见的、散在的LAMC2⁺/F3⁺/ITGA3⁺细胞
这些细胞的特征 高pERK(KRAS信号激活)、高表达p19^ARF(Cdkn2a产物)
即使在没有浸润性癌的良性PanIN中,也存在少数自发激活MP10的细胞,但这些细胞同时高表达TSG蛋白(p19ARF、p16INK4A)。
TSG缺失“释放”MP10细胞,驱动快速恶性转化
实验模型:KC; TO-Cas9(dox诱导Cas9)+ AAV-sgRNA(敲除Cdkn2a、Trp53、Smad4)
分组 处理 结果(3周后)
KO^CONTROL(对照) dox 3周 仍为LG-PanIN,无浸润
PanIN-KO^TSG dox 3周 显著恶性转化:细胞异型性、腺体破坏、小叶结构丧失、浸润
TSG缺失后MP10基因表达快速上调(3周内)
RNA-seq证实:TSG敲除后,MP10相关基因表达显著增加
IF证实:浸润细胞高表达MP10标记物(LAMC2、F3、ITGA3),同时下调MP11标记物(TFF2、LGALS4)
PanIN中天然存在一小群“潜伏”的MP10⁺细胞,它们同时被TSG程序(如Cdkn2a、Trp53)所抑制,无法扩增。只有通过TSG缺失解除这种抑制,这些细胞才能快速扩增、关闭MP11、激活MP10,并驱动从良性PanIN向浸润性PDAC的恶性转化。

刹车:TSG(Cdkn2a、Trp53等)→ 抑制MP10⁺细胞的扩增
油门:KRAS突变 → 驱动MP10激活
突破:TSG丢失 → MP10⁺细胞扩增 → 浸润性癌

结果4、核心MP10基因重现了皮肤再上皮化(CR)程序

MP10中最特异的基因并非随机分布,而是形成一个功能连贯的模块,与伤口边缘角质形成细胞迁移所需的再上皮化程序完全一致。
MP10特异性基因与皮肤再上皮化(CR)高度重叠
类别 具体基因 功能
1型半桥粒组分 LAMC2, LAMA3, LAMB3, ITGB4, ITGA6, PLEC, CD151, COL17A1 基底膜附着、细胞迁移
整合素 ITGA3, ITGB1 细胞粘附、迁移
角蛋白 KRT17 细胞骨架重塑
纤溶酶原激活系统 F3, PLAU, PLAUR 基质降解、细胞迁移
糖酵解相关 SLC2A1, SLC16A3, LDHA, PKM 代谢重编程(Warburg效应)
MP10基因在皮肤伤口愈合中被动态诱导
小鼠皮肤伤口后12-24小时,MP10基因在迁移的角质形成细胞中达到表达高峰
IF验证:F3和LAMC2在伤口边缘角质形成细胞中特异性诱导,持续至再上皮化完成
靶向CR通路的药物可抑制PDAC侵袭
mTOR抑制剂(雷帕霉素) 或 EGFR抑制剂(厄洛替尼) 处理1周
结果:Matrigel栓块周围的浸润性癌细胞数量显著减少
提示:皮肤伤口愈合所需的信号通路(mTOR、EGFR)同样驱动PDAC的侵袭行为
CR基因是PDAC恶性转化所必需的(体内基因敲除实验)
基因型 TSG状态 CR基因状态 结果(7周)
KC; Cas9 sgTSG敲除(对照) 野生型 全部出现肉眼可见肿瘤
KC; Cas9 sgTSG敲除 Lamc2敲除 几乎无肿瘤
KC; Cas9 sgTSG敲除 Itgb4敲除 几乎无肿瘤
KC; Cas9 sgTSG敲除 F3敲除 几乎无肿瘤
敲除单个CR基因后,其他非靶向的MP10基因表达也随之丢失 → 提示存在正反馈环路
敲除CR基因不影响 ADM形成或ADM→PanIN转变(即早期步骤不依赖CR),但阻断了PanIN→PDAC的恶性进展

MP10核心基因本质上是一个“劫持”了皮肤伤口愈合(再上皮化)程序的转录模块。这些基因(如LAMC2、ITGB4、F3)不仅是PDAC细胞脱离基底膜、浸润实质所必需的,而且它们之间通过正反馈相互维持。靶向这一程序的信号通路(mTOR、EGFR)或直接敲除CR基因,均可有效阻断PDAC的恶性侵袭。

皮肤伤口愈合(生理性) PDAC恶性进展(病理性)


伤口边缘角质形成细胞


PanIN中罕见的MP10⁺细胞


再上皮化程序(CR)


劫持 → 同一套CR程序


LAMC2, ITGB4, F3, ...


LAMC2, ITGB4, F3, ...


迁移、覆盖伤口床


突破基底膜、浸润实质

结果5、MP10与鳞状分化及EMT截然不同

MP10 vs 鳞状分化
特征 鳞状分化 MP10/PDAC
1型半桥粒组分 高表达 高表达
鳞状标记(KRT5, TP63) 高表达 低表达
谱系限制性 广泛 限于PDAC、肺癌等特定谱系
预后预测价值 HD高表达预示PDAC/肺癌预后差,但对多数癌种无预测价值
MP10虽然表达半桥粒等CR基因,但不伴随典型的鳞状分化程序,两者在转录调控上是解偶联的。

MP10 vs EMT

特征 EMT MP10
CDH1/E-cadherin 抑制 高表达(保留)
EPCAM 抑制 高表达(保留)
VIM 诱导 几乎不表达(仅极少数部分EMT)
CDH2/N-cadherin 诱导 不表达
细胞形态 梭形、失去极性 上皮样、保持极性
转录状态 与MP10 互斥 完全EMT细胞中MP10关闭
MP10的NMF中:VIM几乎不富集,CDH1和EPCAM强烈富集
单细胞数据:mPDAC中存在EMT细胞群,但MP10⁺细胞与完全EMT细胞互斥
人类PDAC中EMT极其罕见:仅占恶性细胞~0.25%,114个肿瘤中仅5个含>2% EMT细胞
IF验证:11个hPDAC中10个为CDH1⁺/VIM⁻上皮簇,仅1例出现广泛EMT

小鼠 vs 人类

特征 小鼠PDAC 人类PDAC
EMT细胞丰度 相对较多(可见EMT细胞簇) 极其罕见(~0.25%)
早期浸润中的EMT 几乎完全不存在
主要浸润驱动程序 MP10 MP10
尽管小鼠模型中可见一定程度的EMT,但在早期浸润和人类PDAC中,MP10是主导的、保守的侵袭驱动程序,EMT并非主要机制。

整体比较

MP10程序 鳞状分化 EMT
半桥粒 +++ +++
KRT5/TP63 +++
E-cadherin +++ +
Vimentin +++
细胞形态 上皮样 上皮样/分化 梭形/间充质
在PDAC中 主导侵袭 罕见 极罕见(<0.25%)

MP10是一个谱系限制性的上皮迁移程序,与鳞状分化无关,与EMT在转录状态上互斥。在PanIN向PDAC的恶性进展中,MP10(而非EMT)是驱动基底膜突破和实质浸润的主导机制。EMT在人类PDAC中极为罕见,且通常发生于晚期肿瘤。

结果6、FOSL1——CR的驱动因子,是PDAC恶性的主调控因子

ATAC-seq
染色质重塑揭示CR与PDAC进展的共享机制
比较组 染色质开放位点变化
PDAC vs PanIN >34,000个位点开放增加
受伤 vs 未受伤表皮干细胞(CR) 近一半的共同开放位点
共同富集区域 CR基因位点
PDAC恶性进展与皮肤伤口愈合(CR)在染色质水平上高度相似。
AP-1(尤其是FOSL1)是核心转录调控因子
AP-1基序在PDAC vs PanIN和伤口愈合中均为保护程度最强的TF基序
在AP-1家族中,FOSL1是差异最大、升高最显著的成员
必需性筛选:仅有 FOSL1、JUNB、ATF4 对PDAC细胞生长/生存是必需的
谱系限制性:FOSL1在半桥粒高表达肿瘤(PDAC、SCC)中升高
预后价值:在所有AP-1成员中,高FOSL1对hPDAC不良预后预测能力最强
FOSL1/JUNB在空间上定位于侵袭前沿
模型 定位
皮肤伤口愈合 迁移性前沿角质形成细胞核中
小鼠PDAC(TSG KO后3周) 新生浸润性细胞核中(特异性共表达)
人类PDAC 从导管新生的MP10⁺浸润性细胞核中
FOSL1的表达受KRAS信号及CR通路药物调控
KRASG12D 耗竭 → FOSL1蛋白 ↓、MP10基因 ↓
雷帕霉素(mTOR抑制剂)或厄洛替尼(EGFR抑制剂)→ FOSL1⁺浸润性细胞 ↓
遗传学验证:FOSL1/JUNB是PDAC恶性转化的必要条件
实验 结果
TSG KO(对照组) 快速出现浸润性PDAC
TSG KO + Fosl1/Junb共敲除 浸润性PDAC显著减少
FOSL1和JUNB是TSG缺失后恶性转化所必需的。
FOSL1单独足以驱动全胰腺恶性转化(无需TSG缺失)
实验组 结果(3周后)
KC + tBFP(对照) LG-PanIN,无浸润
KC + FOSL1-tBFP 全胰腺恶性转化:小叶结构丧失、高度非典型细胞全胰腺迁移

FOSL1过表达不依赖TSG缺失即可驱动浸润性癌

即使在p19ARF广泛激活(TSG程序被激活)的情况下,FOSL1仍能驱动恶性表型

这一发现极为重要:FOSL1的强制表达可绕过TSG介导的肿瘤抑制屏障,直接将良性PanIN转化为浸润性癌。

结果7、FOSL1结合并激活MP10 CR基因

FOSL1过表达的表型与自然进展高度一致
对比项 FOSL1过表达 vs 自然进展(PanIN→PDAC)
转录变化 高度镜像
上调基因 富集 MP10基因(包括几乎所有CR基因)
下调基因 富集 MP11基因
染色质开放 与TSG KO诱导的进展高度相似
上皮/间充质状态 高Epcam/Cdh1,低Vim(上皮状态,非EMT)
FOSL1单因子足以重演PanIN→PDAC进展过程中的核心转录和表观遗传变化。
FOSL1的调控具有选择性
基因类别 受FOSL1影响?
多个MP共有的泛导管基因(如KRT19, EPCAM) 基本不受影响
MP10特异性基因(尤其是CR基因) 选择性激活(几乎所有)
MP11特异性基因 抑制
FOSL1并非广谱转录激活因子,而是精准调控MP10/MP11转换的关键开关。
FOSL1直接结合并调控靶基因(ChIP-seq证据)
指标 数值
FOSL1与JUNB结合位点的重叠度 非常高(符合异二聚体功能)
上调基因中FOSL1结合的比例 ~75%
下调基因中FOSL1结合的比例 ~58%
非调控基因中FOSL1结合的比例 <25%
激活基因上的结合强度 高于抑制基因
直接靶向的CR基因示例:LAMC2、F3等恶性转化必需基因
FOSL1同时激活致癌程序和TSG程序
FOSL1-tBFP表达 → Cdkn2a mRNA ↑、p19^ARF蛋白 ↑
ChIP-seq证实:FOSL1/JUNB直接结合Cdkn2a的长距离增强子(Ncruc)
该增强子在自发性PDAC中频繁缺失(说明肿瘤通过删除此增强子来逃避FOSL1介导的TSG激活)
重要机制:FOSL1同时激活:
MP10 CR基因(驱动恶性)
Cdkn2a/TSG程序(限制恶性)
这解释了为什么在自然进展中需要额外的TSG缺失——FOSL1自带的“刹车”需要被解除才能实现完全恶性转化。
LAMC2是FOSL1驱动恶性所必需的
实验 结果
FOSL1-tBFP(对照) 侵袭性表型(细胞簇从腺体出芽)
FOSL1-tBFP + Lamc2 KO 侵袭表型完全逆转,FOSL1表达细胞局限于PanIN样结构
结论:LAMC2是FOSL1下游的关键效应分子,对于FOSL1驱动的恶性浸润是不可或缺的。
蛋白水平验证(IF)
FOSL1诱导的肿瘤中 表达变化
MP10 CR因子(LAMC2、F3) 激活
MP11标记物(LGALS4、TFF2) 下调
细胞形态 形成小簇,从残余腺体“出芽”
FOSL1是直接结合并激活MP10 CR基因的主转录因子。它选择性地上调MP10程序(包括LAMC2、F3等关键侵袭基因)并抑制MP11程序,同时意外地也直接激活Cdkn2a(TSG)增强子,形成一种“双刃剑”效应:驱动恶性的同时内在地激活了限制机制。这解释了为何FOSL1单独足以启动恶性转化,但完全进展需要额外的TSG缺失。LAMC2是FOSL1下游的关键效应分子,敲除它可完全逆转FOSL1诱导的侵袭表型。

结果8、CTHRC1高表达的MP4 myCAF特异性结合恶性肿瘤细胞

肿瘤微环境影响癌细胞转录状态
成纤维细胞MP的分类与特征
MP CAF类型 特异性标记物 共享标记物
MP4 myCAF亚型 CTHRC1, COL12A1 ACTA2, MYL9, TAGLN
MP3 myCAF亚型 IGFBP5, HOPX ACTA2, MYL9, TAGLN
MP7 myCAF亚型 EPAS1 ACTA2, MYL9, TAGLN
MP5 iCAF 补体基因等
CAF程序与皮肤伤口愈合的对应关系
CAF MP 是否在未受伤皮肤成纤维细胞中表达 是否在受伤皮肤成纤维细胞中表达
MP3
MP5
MP7
MP4 ✓(仅伤口特异性)
MP4特征仅在伤口特异性成纤维细胞中表达,提示PDAC中的MP4 CAF相当于肿瘤中的“伤口相关成纤维细胞”。
不同CAF MP与肿瘤细胞的空间邻近关系
CAF MP 与MP10(恶性)的邻近性 与MP11(良性)的邻近性
MP7 几乎不邻近(任何肿瘤细胞) 几乎不邻近
MP5(iCAF) 不邻近 偶尔邻近
MP3 相似 相似
MP4(CTHRC1高) 显著富集(最强、最特异) 较弱
CTHRC1高表达的MP4 myCAF特异性定位在恶性MP10⁺肿瘤细胞周围,而其他CAF类型则无此特异性。
从PanIN到PDAC的CAF动态变化
CAF MP 在PanIN中的丰度 在PDAC中的丰度 趋势
MP5(iCAF) 丰富 减少 随进展下降
MP4(CTHRC1高) 稀少 增加 随进展上升(与MP10⁺细胞扩增同步)
随着PanIN→PDAC进展,CAF群体从MP5(iCAF)主导转向MP4(CTHRC1高myCAF)主导,与肿瘤细胞中MP10的激活和扩增在时空上同步。
蛋白水平验证(IF)
CTHRC1(而非α-SMA)的表达可预测CAF与FOSL1⁺浸润性PDAC细胞的邻近关系
在小鼠和人类PDAC中均得到验证
总结一下啊
PDAC中存在四种功能不同的成纤维细胞MP。其中,MP4(CTHRC1高表达的myCAF亚型)具有以下特征:
伤口特异性:仅在皮肤伤口愈合中的成纤维细胞中表达,提示其代表一种“伤口相关”CAF状态;
空间特异性:选择性定位在恶性MP10⁺肿瘤细胞周围,而不靠近良性MP11⁺细胞;
动态特异性:在PanIN→PDAC进展过程中数量增加,与MP10⁺恶性细胞扩增同步;
分子标记物:CTHRC1是比α-SMA更精确的恶性相关CAF标记物。
这些发现强烈提示,MP4 CAF与MP10⁺恶性肿瘤细胞之间存在功能性的相互作用,共同驱动PDAC的恶性进展。

结果9、MP4样CAF通过肿瘤细胞EGFR激活促进FOSL1表达

MP4与MP10在功能上相互依赖
实验 结果
KRASG12D耗竭(dox撤除) MP4 CAF比例↓,MP5 iCAF成为主导
hPDAC类器官 + CAF共培养 CAF中MP4基因↑;PDAC类器官中MP10基因↑
MP10⁺肿瘤细胞与MP4 CAF之间存在双向互作,两者互相维持。
MP4样CAF特异性诱导PDAC细胞中FOSL1表达
CAF来源 条件培养基效果
MP4样CAF(2个细胞系) FOSL1水平显著升高
MP5样CAF(1个细胞系) 无显著效果
是MP4 CAF的分泌因子(而非MP5 CAF)特异性上调FOSL1。
MP4 CAF状态受TGF-β信号调控
处理 效果
TGF-β抑制剂(A8301)处理MP4 CAF MP4基因↓,MP5基因↑
该处理CAF的条件培养基 激活FOSL1能力减弱
直接加抑制剂到未条件化培养基 不影响基础FOSL1或p-SMAD2
TGF-β信号维持MP4 CAF状态;KRAS突变通过上调Tgfb1间接调控CAF状态。
空间细胞通讯分析:MP4 → MP10是最强信号轴之一
基于Stereo-seq的空间邻近性 + 基因表达预测细胞间通讯
MP4-MP10相互作用被评为最强检测到的相互作用之一
MP4 CAF通过非经典配体激活肿瘤细胞EGFR
MP4CAF表达的因子 类型 已知功能
CCN2 非经典EGFR激活因子 激活EGFR
VCAN 非经典EGFR激活因子 激活EGFR
CTHRC1 非经典EGFR激活因子 激活EGFR(且为MP4特异性标记)
经典EGFR配体(如EGF) 有限富集
实验验证:EGFR是MP4→FOSL1信号通路的关键节点
实验 结果
MP4样CAF条件培养基 hPDAC细胞中p-EGFR(Y1068)↑
+ EGFR抑制剂厄洛替尼 完全阻断FOSL1诱导效应
IF共定位 FOSL1⁺浸润性PDAC区域中,EGFR激活与CTHRC1⁺ CAF空间邻近
MP4 CAF与MP10⁺ PDAC细胞之间形成一个双向互作的恶性环路:
MP4 CAF通过分泌非经典EGFR配体(CTHRC1、CCN2、VCAN等)激活肿瘤细胞EGFR信号;
EGFR激活 → 肿瘤细胞中FOSL1表达上调 → FOSL1驱动MP10 CR基因表达 → 肿瘤细胞获得侵袭能力;
同时,MP10⁺肿瘤细胞通过KRAS依赖的方式(如TGF-β)维持MP4 CAF状态;
这一互作环路解释了MP4与MP10在空间上的高度邻近性和时间上的同步扩增。
靶向EGFR(厄洛替尼)可阻断MP4 CAF对FOSL1的诱导效应,为PDAC治疗提供了理论依据。

生活很好,有你更好。

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