在历史的长河中，崇正书院也经历了一波三折。
万历后随着耿定向的失势，书院也逐渐废弃，后由焦竑改建为纪念耿定向的耿公祠。
清代时利用其址作为佛教活动场所，咸丰三年（1853年）毁于太平天国战乱，同治四年（1865年）重建后被改为供奉地藏王菩萨的小九华寺。
上世纪八十年代，南京市政府拨款重修崇正书院，由东南大学著名建筑专家杨廷宝教授（“南杨北梁”中的杨，梁是梁思成）根据原样亲自指导设计方案，历时两年竣工。
修竣后的崇正书院被列入南京市文物保护单位。
风之舞摄
探游清凉山（三十五）
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