MEGA7做系统发育树,如何输出bootstrap值?

Bootstrap,即自展值,是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。简单地讲就是把序列的位点都重排,重排后的序列再用相同的办法构树,如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了,就给这个分枝打上一分,如果没出现就给0分,这样经过你给定的repetitions次(至少1000次)重排构树打分后,每个分枝就都得出分值,计算机会给你换算成bootstrap值。

Bootstrap values (步长值)是指在你选择的遗传距离算法(一般选择邻接法即NJ法)中软件根据所比对序列得到结果 比如 bootstrap value设置为1000,即软件构建了相应的1000”棵树“,在每个节点上显示的bootstrap value 即指在这1000次建树过程中,有相应的次数的频率这个分枝内的几株菌或几段序列在进化速度上相似,一般认为节点处的bootstrap value大于500时分析结果可信,bootstrap value 在mega ,philiphy,等软件中常见。

这个值在MEGA7默认是没有的,那怎么才会显示呢?

点击 Phylogeny---->Construct ML tree,这时会弹出下面这张图,注意在Phylogeny Test上选择Bootstrap method,下面次数可以自己定义,一般是选1000次,然后点击运行就行了

本来部分参考自 http://www.360doc.com/content/14/0617/22/17553313_387599563.shtml

和   https://www.plob.org/article/7190.html

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容

  • 首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME(Minimum Evolution,最小进化法)和NJ(Nei...
    相见很不晚阅读 25,106评论 1 57
  • Spring Cloud为开发人员提供了快速构建分布式系统中一些常见模式的工具(例如配置管理,服务发现,断路器,智...
    卡卡罗2017阅读 134,973评论 19 139
  • 先感叹一下,职场修炼有时候只有苦和累,因为不是任何时候都能尝到甜头。延迟满足往往是常态。 一、工作中的同理心问题 ...
    胡誠阅读 268评论 0 3
  • “唉,豆腐匠子,你上回还欠我两块大豆呢,快来,今个儿给我一块儿算了!”前条街上的朱全安家的胖媳妇大老远地打西边过来...
    宏波_阅读 347评论 0 2
  • 古镇名孝里, 郭巨美名扬。 有村五十九, 悉数说端祥。 石沟土台子, 董庄后傅庄。 马庄连西朱, 高庄邻朱庄。 后...
    傳弘阅读 730评论 0 0