工程总承包，从签订合同起就有可能出现经济合同与内容不一致的情况，比如合同名称为采购合同、商务合同，但实际内容却包含着设计、采购、施工等等，这时如果单纯按照合同名称认定它为买卖合同显然是不合理的。这种时候应主张以合同约定的权利义务内容来确定合同的性质，否则对法院管辖权的确认会产生影响。
在实际纠纷中，工程总承包的合同性质到底如何还没有一个统一的说法，但是一般在处理工程总承包纠纷时，主要将其作为建设工程施工合同纠纷案件来处理。而根据我国法律规定，建设工程施工合同纠纷按照不动产纠纷确定管辖，不动产纠纷由不动产所在地人民法院管辖。至于由何级别的法院来管辖则需要根据诉讼标的额来判断，2000万以下的一审民商事案件由初级人民法院管辖，2000万以上1亿以下的一审民商事案件由中级人民法院管辖，1亿以上的一审民商事案件由高级人民法院管辖。
