NicheNet ||细胞间相互作用分析

NicheNet（https://github.com/saeyslab/nichenetr）是一个计算不同细胞间相互作用的R包，通过细胞的表达数据与已知的信号和基因调控网络的相结合，预测相互作用细胞之间的配体-受体作用。通过将NicheNet应用于肿瘤和免疫细胞微环境数，可以推断出活性配体及其对相互作用细胞的基因调控作用。

NicheNet需要相互作用的细胞的人类或小鼠基因表达数据作为输入，并将其与通过整合信号通路而构建的模型相结合。与现有方法相反，NicheNet的模型不止是配体与受体的相互作用，还整合了细胞内信号传导。因此，NicheNet可以预测哪些配体影响另一种细胞中的表达，哪些靶基因受每种配体影响以及可能涉及哪些信号传导介质。

代码实现：https://github.com/saeyslab/nichenetr

参考：https://github.com/saeyslab/nichenetr

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